confronta visivamente sequenze di batteri, plasmidi, cloroplasti o mitocondri
CGView Comparison Tool (CCT) è un pacchetto per confrontare visivamente
sequenze di interesse di batteri, plasmidi, cloroplasti o mitocondri con
genomi esistenti o raccolte di sequenze. I confronti sono effettuati usando
BLAST e i risultati di BLAST sono presentati sotto forma di mappe grafiche
che possono anche mostrare caratteristiche delle sequenze, nomi di geni e
proteine, assegnazioni di categorie COG e caratteristiche della
composizione delle sequenze. CCT può generare mappe in una varietà di
dimensioni, incluse mappe da 400 Megapixel adatte per poster. I confronti
possono essere effettuati all'interno di una particolare specie o genere, o
possono essere usati tutti i genomi disponibili. L'intero procedimento di
creazione della mappa, dallo scaricamento delle sequenze al ridisegno delle
mappe ingrandite, può essere completato facilmente usando gli script
inclusi con CCT. Funzionalità definite dall'utente o i risultati
dell'analisi possono essere inclusi nelle mappe, e le mappe possono essere
ampiamente personalizzate. Per semplificare la configurazione del
programma, è disponibile una macchina virtuale CCT che include tutte le
dipendenze preinstallate. Nella documentazione di CCT sono inclusi dei
tutorial dettagliati che illustrano l'uso di CCT.
