rimozione di adattatori e/o unione di letture accoppiate di sequenze di DNA con sovrapposizioni
SeqPrep è un programma per unire letture Illumina con estremità accoppiate
che si sovrappongono in un'unica lettura più lunga. Può anche essere usato
per la sua funzionalità di taglio dell'adattatore, senza fare alcuna
sovrapposizione delle estremità accoppiate. Quando è presente una sequenza
adattatore, ciò significa che le due letture devono sovrapporsi (nella
maggior parte dei casi) perciò vengono forzatamente unite. Quando le
letture non hanno una sequenza adattatore devono essere trattate con
cautela durante l'unione, perciò viene utilizzato un approccio molto più
specifico. I parametri predefiniti sono stati scelti pensando alla
specificità, perciò possono essere usati con insiemi di dati dove ci si
aspetta di trovare molte poche letture con sovrapposizioni. Tuttavia la
cosa più sicura è sempre quella di riservare la procedura di
sovrapposizione per gli insiemi di dati per i quali si hanno conoscenze
pregresse sul fatto che una porzione significativa delle sequenze ha delle
sovrapposizioni.
