Package: python3-pairtools (1.0.2-2 and others)

[ Source: pairtools  ]

infrastruttura per elaborare dati di sequenziamento da un esperimento Hi-C

Semplice e veloce infrastruttura a riga di comando per elaborare dati di sequenziamento da un esperimento Hi-C.

Elabora allineamenti di sequenze a terminali appaiati ed effettua le seguenti operazioni:

 - rileva giunzioni di legatura (alias coppie Hi-C) in sequenze allineate,
   a terminali accoppiati, di molecole di DNA Hi-C;
 - ordina file .pairs per analisi successive;
 - rileva, applica tag e rimuove duplicati di PCR/ottici;
 - genera statistiche esaurienti su insiemi di dati Hi-C;
 - seleziona coppie Hi-C in base a criteri definiti in modo flessibile;
 - ripristina allineamenti .sam da coppie Hi-C.

Other Packages Related to python3-pairtools

• dep: cython3

  estensioni C per Python 3

• dep: libc6 (>= 2.4)

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

  libreria di supporto a GCC

• dep: libstdc++6 (>= 11)

  libreria GNU Standard C++, versione 3

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

  dep: python3 (<< 3.12)

  dep: python3 (>= 3.11~)

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  library to enable flexible, scalable operations on genomic interval dataframes

• dep: python3-click

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• dep: python3-pysam (>= 0.20.0+ds-3~)

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• dep: python3-scipy

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• dep: python3-yaml

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• sug: python3-pairtools-examples (>= 1.0.2)

  infrastruttura per elaborare dati di sequenziamento da un esperimento Hi-C (esempi)

Download python3-pairtools

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Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
mips64el	1.0.2-2+b1	146.4 kB	776.0 kB	[list of files]