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Package: meryl (0~20150903+r2013-8 and others)

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conteggio di k-meri in- e out-of-core e utilità

meryl calcola il contenuto di k-meri di sequenze genomiche. Il contenuto di k-meri è rappresentato come una lista di k-meri e il numero di volte che ognuno di essi appare nelle sequenze di input. Il k-mero può essere ristretto solamente al k-mero forward, solo a quello reverse o al k-mero canonico (lessicograficamente più piccolo del k-mero forward e reverse ad ogni posizione). Meryl può riportare l'istogramma dei conteggi, la lista dei k-meri e il loro conteggio o può effettuare operazioni matematiche o insiemistiche sui file dei dati elaborati.

Questo pacchetto fa parte della suite Kmer.

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