Package: soapsnp (1.03-5)

[ Source: soapsnp  ]

utilità di risequenziamento che può assemblare sequenze di consenso di genomi

Per avere idee sulla causa delle malattie o sulla loro risposta a terapie, e per capire una o l'altra per un particolare paziente, i dottori di tutto il mondo stanno iniziando a guardare i geni o l'intero genoma e come tale sequenza differisce da quella di un individuo sano o che risponde bene.

SOAPsnp fa parte di SOAP (Short Oligonucleotide Analysis Package). Il programma è un'utilità per risequenziamento. Assembla la sequenza di consenso per il genoma di un individuo con un nuovo sequenziamento sulla base dell'allineamento delle letture grezze di sequenziamento su un riferimento noto. Gli SNP possono essere poi identificati sulla sequenza di consenso attraverso il confronto con il riferimento.

SOAPsnp usa un metodo basato sul teorema di Bayes (il modello di probabilità inversa) per identificare il genotipo di consenso, considerando attentamente la qualità dei dati, l'allineamento e gli errori sperimentali ricorrenti. Tutti questi tipi di informazione sono stati integrati in un unico punteggio di qualità per ogni base nella scala PHRED, per misurare l'accuratezza dell'identificazione di consenso. Attualmente gestisce il formato di allineamento di SOAPaligner (soap2).

Other Packages Related to soapsnp

• dep: libc6 (>= 2.34)

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 4.2)

  libreria di supporto a GCC

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  libreria GNU Standard C++, versione 3

• sug: genomics.cn-soapsnp

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Architecture	Package Size	Installed Size	Files
i386	48.6 kB	117.0 kB	[list of files]