Package: quicktree (2.5-5)

[ Source: quicktree  ]

algoritmo di unione dei vicini per filogenie

QuickTree è un'implementazione efficiente dell'algoritmo Neighbor-Joining (PMID: 3447015), capace di ricostruire filogenie da enormi allineamenti in un tempo inferiore all'età dell'universo.

QuickTree accetta come input sia una matrice di distanze, sia un allineamento di sequenze multiple. Il primo deve essere in formato PHYLIP. L'ultimo in formato Stockholm, che è il formato di allineamento nativo del database Pfam. Allineamenti in vari formati possono essere convertiti nel formato Stockholm con il programma sreformat, che fa parte del pacchetto HMMer (hmmer.org).

Gli alberi sono scritti su stdout nel formato Newick/New-Hampshire usato da PHYLIP e molti altri programmi.

Other Packages Related to quicktree

• dep: libc6 (>= 2.29)

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• sug: hmmer

  profilamento di modelli di Markov nascosti per analisi di sequenze proteiche

  or hmmer2

  profilamento di modelli di Markov nascosti per analisi di sequenze proteiche

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Architecture	Package Size	Installed Size	Files
i386	21.3 kB	60.0 kB	[list of files]