Package: python3-dna-jellyfish (2.3.0-15 and others)

[ Source: jellyfish  ]

conta i k-meri in sequenze di DNA (collegamenti Python di jellyfish)

JELLYFISH è uno strumento per contare in modo veloce ed efficiente in termini di memoria i k-meri nel DNA. Un k-mero è una sottostringa di lunghezza k, e contare le occorrenze di tutte queste sottostringhe è un passo fondamentale in molte analisi delle sequenze del DNA. JELLYFISH può contare i k-meri usando una quantità di memoria un ordine di grandezza più piccola e una velocità di un ordine di grandezza più grande di quelle degli altri pacchetti per il conteggio dei k-meri, grazie all'uso di una codifica efficiente di una tabella hash e sfruttando l'istruzione "compare-and-swap" della CPU per aumentare il parallelismo.

JELLYFISH è un programma a riga di comando che legge file FASTA e multi-FASTA contenenti sequenze di DNA. Produce in output il suo conteggio dei k-meri in formato binario, che può essere tradotto in testo intelligibile usando il comando "jellyfish dump".

Questo pacchetto contiene i collegamenti Python di jellyfish.

Other Packages Related to python3-dna-jellyfish

• dep: libc6 (>= 2.34)

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 4.2)

  libreria di supporto a GCC

• dep: libjellyfish-2.0-2 (>= 2.3.0)

  conta i k-meri in sequenze di DNA (libreria dinamica di jellyfish)

• dep: libstdc++6 (>= 9)

  libreria GNU Standard C++, versione 3

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

  dep: python3 (<< 3.12)

  dep: python3 (>= 3.11~)

Download python3-dna-jellyfish

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Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
i386	2.3.0-15+b3	60.5 kB	184.0 kB	[list of files]