ricostruzione di sequenze di amminoacidi ancestrali con massima verosimiglianza
FastML è uno strumento bioinformatico per la ricostruzione di sequenze
ancestrali sulla base delle relazioni filogenetiche tra sequenze omologhe.
FastML esegue svariati algoritmi che ricostruiscono le sequenze ancestrali
con enfasi sulla ricostruzione accurata sia degli indel, sia dei caratteri.
Per la ricostruzione dei caratteri, gli algoritmi di FastML descritti
precedentemente sono usati per dedurre in maniera efficiente le sequenze
ancestrali più probabili per ciascun nodo interno dell'albero. Sono fornite
sia le ricostruzioni congiunte, sia quelle marginali. Per la ricostruzione
degli indel, le sequenze sono prima codificate secondo gli eventi degli
indel rilevati all'interno del Multiple Sequence Alignment (MSA) e poi un
modello di verosimiglianza all'avanguardia è usato per ricostruire gli
stati degli indel ancestrali. I risultati sono le sequenze più probabili,
insieme alle probabilità a posteriori per ciascun carattere e indel a
ciascuna posizione della sequenza per ciascun nodo interno dell'albero.
FastML è generico ed è applicabile a qualunque tipo di sequenza molecolare
(sequenze di nucleotidi, proteine o codoni).
