Package: seer (1.1.4-7)

[ Source: seer  ]

analisi di arricchimento di elementi di sequenze genomiche (k-meri)

I genomi batterici variano ampiamente in termini di contenuto dei geni e sequenze dei geni, questa plasticità ostacola l'uso di metodi tradizionali basti su SNP per identificare tutte le associazioni genetiche con variazione fenotipica. SEER fornisce un metodo statistico largamente applicabile e computazionalmente scalabile per l'identificazione di elementi di sequenze che siano significativamente arricchiti in un fenotipo di interesse. SEER è applicabile anche a decine di migliaia di genomi contando k-meri a lunghezza variabile usando un algoritmo distribuito di ricerca di stringhe. Sono fornite opzioni robuste per l'analisi di associazione che applicano anche correzioni per la struttura della popolazione clonale dei batteri. Usando grandi raccolte di genomi del principale patogeno umano Streptococcus pneumoniae, SEER identifica i rilevanti determinanti di resistenza precedentemente caratterizzati per svariati antibiotici.

Other Packages Related to seer

• dep: libarmadillo11 (>= 1:11.4.2+dfsg)

  libreria snella in C++ per algebra lineare

• dep: libblas3

  implementazione di riferimento dell'algebra lineare di base, libreria condivisa

  or libblas.so.3

  virtual package provided by libatlas3-base, libblas3, libblis4-openmp, libblis4-pthread, libblis4-serial, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial

• dep: libboost-program-options1.74.0 (>= 1.74.0)

  libreria per opzioni di programma per C++

• dep: libc6 (>= 2.34)

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.5)

  libreria di supporto a GCC

• dep: libgzstream0 (>= 1.5+dfsg)

  fornisce le funzionalità della libreria C zlib in un iostream C++

• dep: libhdf5-103-1

  file runtime C di HDF5 - versione seriale

• dep: libstdc++6 (>= 12.2.0-9)

  libreria GNU Standard C++, versione 3

• dep: libtext-csv-perl

  manipolatore di valori separati da virgole (tramite XS o PurePerl)

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  libreria di compressione - runtime

• sug: fsm-lite

  ricerca di stringhe basata sulla frequenza (lite)

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