Package: python3-pbcommand (2.1.1+git20220616.3f2e6c2-2)

[ Source: python-pbcommand  ]

interfaccia comune a riga di comando per moduli di analisi di Pacific Biosciences

Per integrarsi con il motore di flusso di lavoro pbsmrtpipe, si deve essere in grado di generare un Tool Contract e di eseguire da un Resolved Tool Contract. Un Tool Contract contiene i metadati dell'eseguibile, come i tipi di file di input, di output e le opzioni. Ci sono due casi d'uso principali: il primo è fare il wrapping/chiamare funzioni Python che sono state definite in pacchetti Python 3 esterni, o script; il secondo è creare uno strumento CLI che gestisca l'emissione di Tool Contract, l'esecuzione dei Resolved Tool Contract e una CLI completa in stile argparse.

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