Package: metaphlan (4.0.4-1)

[ Source: metaphlan  ]

analisi filogenetica metagenomica

MetaPhlAn è uno strumento informatico per profilare la composizione di comunità microbiche (Bacteria, Archaea ed eucarioti) da dati di sequenziamento shotgun metagenomico (cioè non 16S) a livello di specie. Con il modulo StrainPhlAn recentemente aggiunto è ora possibile effettuare una profilazione microbica accurata a livello di ceppo.

MetaPhlAn si basa su ~1.1M geni marcatori univoci specifici per clade (il file più recente con informazioni sui marcatori mpa_v31_CHOCOPhlAn_201901_marker_info.txt.bz2 può essere scaricato) identificati da circa 100,000 genomi di riferimento (~99.500 di batteri e archei, e ~500 eucariotici), permettendo:

 * assegnazioni tassonomiche non ambigue;
 * stime accurate dell'abbondanza relativa degli organismi;
 * risoluzione a livello di specie per batteri, archei, eucarioti e virus;
 * identificazione e tracciatura dei ceppi;
 * incrementi di velocità di ordini di magnitudine in confronto ai metodi
   esistenti;
 * genomica di popolazione a livello di ceppi metagenomica.

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