sistema rapido ed efficiente nell'uso della memoria per classificare sequenze di DNA
Centrifuge è un sistema molto rapido e che usa la memoria in maniera
efficiente per la classificazione di sequenze di DNA da campioni
microbici, con migliore sensibilità e accuratezza paragonabile rispetto ad
altri sistemi all'avanguardia. Il sistema usa un innovativo schema di
indicizzazione basato sulla trasformata di Burrows-Wheeler (BWT) e l'indice
Ferragina-Manzini (FM), ottimizzati specificamente per il problema della
classificazione metagenomica. Centrifuge richiede un indice relativamente
piccolo (es. 4,3 GB per ~4100 genomi batterici) ma fornisce una velocità di
classificazione molto alta, permettendogli di elaborare una tipica
esecuzione di sequenziamento di DNA entro un'ora. Insieme, questi progressi
permettono analisi tempestive e accurate di vasti insiemi di dati
metagenomici su normali computer da tavolo.
