localizza e visualizza ripetizioni tandem in sequenze di DNA
Una ripetizione tandem nel DNA è costituita da due o più copie adiacenti
approssimate di un motivo di nucleotidi. Tandem Repeats Finder è un
programma per localizzare e visualizzare ripetizioni tandem in sequenze di
DNA. Per poter usare il programma, l'utente fornisce una sequenza in
formato FASTA. Non è necessario specificare il motivo, la dimensione del
motivo o qualsiasi altro parametro. L'output è costituito da due file: un
file della tabella delle ripetizioni e un file di allineamento. La tabella
delle ripetizioni, visualizzabile in un browser web, contiene informazioni
su ogni ripetizione, inclusi la sua posizione, la dimensione, il numero di
copie e il contenuto in nucleotidi. Cliccando sugli indici delle posizioni
di una delle voci della tabella si apre una seconda pagina del browser che
mostra un allineamento delle copie rispetto ad un motivo di consenso. Il
programma è molto veloce e analizza sequenze dell'ordine di 0,5Mb in appena
qualche secondo. Le sequenze fornite possono avere lunghezza arbitraria.
Vengono rilevate ripetizioni con la dimensione del motivo nell'intervallo
compreso tra 1 e 2000 basi.
