Package: dotter (4.44.1+dfsg-7 and others)

[ Source: seqtools  ]

confronto dettagliato tra due sequenze genomiche

Dotter è un programma a matrice di punti grafico per confronto dettagliato di due sequenze.

 * Ciascun residuo in una sequenza è confrontato con ciascun residuo
   nell'altra e viene calcolata una matrice di punteggi.
 * Una sequenza è disegnata sull'asse x e l'altra sull'asse y.
 * Il rumore viene filtrato in modo che gli allineamenti appaiano come
   linee diagonali.
 * I punteggi delle coppie sono mediati con una finestra mobile per rendere
   la matrice dei punteggi più intelligibile.
 * La matrice dei punteggi mediati forma un paesaggio tridimensionale, con
   le due sequenze in due dimensioni e l'altezza dei picchi sulla terza.
   Questo paesaggio è proiettato in due dimensioni usando un'immagine a
   scala di grigi, più scuro è un picco, più alto è il punteggio.
 * Il contrasto e la soglia dell'immagine a scala di grigi possono essere
   regolati interattivamente, senza dover ricalcolare la matrice dei
   punteggi.
 * È fornito uno strumento di allineamento per esaminare l'allineamento
   delle sequenze che l'immagine a scala di grigi rappresenta.
 * Le coppie conosciute con punteggi alti possono essere caricate da un
   file GFF e sovrapposte al grafico.
 * I modelli dei geni possono essere caricati da GFF e visualizzati accanto
   all'asse relativo.
 * Confrontare una sequenza con sé stessa per trovare ripetizioni interne.
 * Trovare sovrapposizioni tra sequenze multiple facendo un grafico a punti
   di tutte le sequenze verso loro stesse.
 * Eseguire Dotter in modalità non interattiva come processo sullo sfondo
   per creare grafici a punti grandi, che richiedono molto tempo.

Tags: Interface Toolkit: GTK

Other Packages Related to dotter

• dep: libc6 (>= 2.34)

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libcairo2 (>= 1.2.4)

  libreria Cairo per grafica 2D vettoriale

• dep: libcurl4 (>= 7.16.2)

  libreria lato client facile da usare per il trasferimento di URL (versione OpenSSL)

• dep: libgbtools0 (>= 4.44.1+dfsg)

  libreria per visualizzare allineamenti di sequenze

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

  libreria di supporto a GCC

• dep: libglib2.0-0 (>= 2.22.0)

  libreria GLib di routine in C

• dep: libgtk2.0-0 (>= 2.12.0)

  libreria per interfacce utente grafiche GTK - vecchia versione

• dep: libpango-1.0-0 (>= 1.14.0)

  impaginazione e rendering di testo internazionalizzato

• dep: libpangocairo-1.0-0 (>= 1.14.0)

  impaginazione e rendering di testo internazionalizzato

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  libreria GNU Standard C++, versione 3

Download dotter

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
amd64	4.44.1+dfsg-7+b2	599.4 kB	813.0 kB	[list of files]