Package: cgview (0.0.20100111-7)

[ Source: cgview  ]

visualizzatore di genoma circolare

CGView è un pacchetto Java per generare mappe di alta qualità e zoomabili di genomi circolari. Il suo scopo primario è di servire come componente di catene per annotazione di sequenze, come mezzo per generare output visibile adatto per il web. Informazioni sulle caratteristiche e opzioni per il rendering sono fornite al programma usando un file XML, un file delimitato da tabulazioni o un file ptt NCBI. CGView converte l'input in una mappa grafica (in formato PNG, JPG o Scalable Vector Graphics), completa di etichette, un titolo, legende e note a piè di pagina. In aggiunta alla mappa predefinita della vista totale, il programma può generare una serie di mappe con collegamenti ipertestuali che mostrano viste espanse. Le mappe collegate possono essere esplorate usando qualsiasi browser web, permettendo una esplorazione rapida del genoma e facilitando la condivisione dei dati. Le etichette delle caratteristiche nelle mappe possono avere collegamenti ipertestuali a risorse esterne, permettendo alle mappe di CGView di essere integrate con il contenuto di database o siti web esistenti.

In aggiunta all'applicazione CGView, è disponibile un'API per generare mappe dall'interno di altre applicazioni Java usando il pacchetto cgview.

CGView può essere usato per le seguenti cose:

 * visualizzazione ed esplorazione del genoma dei batteri: CGView può
   essere incorporato in catene di annotazione del genoma dei batteri,
   come mezzo per generare contenuto web per visualizzazione e navigazione
   dei dati; il contenuto PNG e la mappa di immagine non richiedono applet
   Java o plugin speciali per il browser;
 * generazione di poster di genoma: CGView può generare immagini di
   genomi circolari grandi come un poster in formati di immagine raster
   o Scalable Vector Graphics;
 * visualizzazione di analisi di sequenze: CGView può essere usato per
   mostrare l'output di programmi di analisi di sequenze in un contesto
   circolare.

Funzionalità di CGView:

 * possono essere generate immagini nei formati PNG, JPG o SVG; vedere
   la galleria di CGView;
 * possono essere generate mappe statiche o interattive; le mappe
   interattive fanno uso di immagini PNG standard e di mappe di immagine
   HTML; l'output Scalable Vector Graphics è incluso nelle mappe
   interattive (vedere l'esempio);
 * l'input XML permette il controllo completo sull'aspetto della mappa;
 * possono essere usati file di input delimitati da tabulazioni e file
   ptt NCBI in alternativa al formato XML;
 * l'API di CGView può essere usata per incorporare CGView in applicazioni
   Java;
 * l'applet di CGView può essere usata per incorporare mappe zoomabili in
   pagine web (vedere l'esempio);
 * il server di CGView può essere usato per generare mappe in linea.

Other Packages Related to cgview

• dep: default-jre

  Standard Java or Java compatible Runtime

• dep: libbatik-java

  libreria SVG di xml.apache.org

• dep: libcommons-lang-java

  Commons Lang - un'estensione del pacchetto java.lang

• dep: libjargs-java

  analizzatore di argomenti della riga di comando per Java

• dep: libxerces2-java

  analizzatore XML di validazione per Java con gestione del livello 3 di DOM

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Architecture	Package Size	Installed Size	Files
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