Paquet : r-bioc-variantannotation (1.50.0-1)

[ Paquet source : r-bioc-variantannotation  ]

BioConductor annotation of genetic variants

This BioConductor package provides R functions to annotate variants, compute amino acid coding changess and to predict coding outcomes.

Autres paquets associés à r-bioc-variantannotation

• dep: libbz2-1.0

  Bibliothèque de compression de fichiers (tri de block haute qualité)

• dep: libc6 (>= 2.34)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

• dep: libcurl4t64 (>= 7.18.0)

  bibliothèque de transfert par URL côté client et simple d'utilisation - avec OpenSSL

• dep: liblzma5 (>= 5.1.1alpha+20120614)

  librairie de compression au format XZ

• dep: r-api-4.0

  paquet virtuel fourni par r-base-core

• dep: r-api-bioc-3.19

  paquet virtuel fourni par r-bioc-biocgenerics

• dep: r-bioc-annotationdbi (>= 1.66.0)

  GNU R Annotation Database Interface pour BioConductor

• dep: r-bioc-biobase (>= 2.64.0)

  fonctions de base pour Bioconductor

• dep: r-bioc-biocgenerics (>= 0.50.0)

  generic functions for Bioconductor

• dep: r-bioc-biostrings (>= 2.72.1)

  GNU R string objects representing biological sequences

• dep: r-bioc-bsgenome (>= 1.72.0)

  infrastructure de BioConductor pour les paquets de données de génome basés sur Biostrings

• dep: r-bioc-genomeinfodb (>= 1.40.1)

  BioConductor utilities for manipulating chromosome identifiers

• dep: r-bioc-genomicfeatures (>= 1.56.0)

  GNU R tools for making and manipulating transcript centric annotations

• dep: r-bioc-genomicranges (>= 1.56.1)

  BioConductor representation and manipulation of genomic intervals

• dep: r-bioc-iranges (>= 2.38.1)

  conteneurs de bas niveau de GNU R de stockage de plages d’entiers

• dep: r-bioc-matrixgenerics (>= 1.16.0)

  S4 Generic Summary Statistic Functions that Operate on Matrix-Like Objects

• dep: r-bioc-rhtslib (>= 3.0.0)

  HTSlib high-throughput sequencing library as GNU R package

• dep: r-bioc-rsamtools (>= 2.20.0)

  importation de fichiers BAM, BCF et tabix pour GNU R

• dep: r-bioc-rtracklayer (>= 1.64.0)

  GNU R interface to genome browsers and their annotation tracks

• dep: r-bioc-s4vectors (>= 0.42.1)

  BioConductor S4 implementation of vectors and lists

• dep: r-bioc-summarizedexperiment (>= 1.34.0)

  BioConductor assay container

• dep: r-bioc-xvector (>= 0.44.0)

  BioConductor representation and manpulation of external sequences

• dep: r-bioc-zlibbioc (>= 1.50.0)

  (Virtual) zlibbioc Bioconductor package

• dep: r-cran-dbi

  paquet de GNU R fournissant une interface généraliste de base de données

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3)

  Bibliothèque de compression - binaires

• sug: r-bioc-annotationhub (>= 3.12.0)

  client GNU R pour accéder aux ressources d'AnnotationHub

• sug: r-bioc-biocstyle (>= 2.32.1)

  standard styles for vignettes and other Bioconductor documents

• sug: r-bioc-snpstats (>= 1.54.0)

  méthodes et les classes de SnpMatrix et XSnpMatrix de BioConductor

• sug: r-cran-ggplot2

  implementation of the Grammar of Graphics

• sug: r-cran-httr

  GNU R tools for working with URLs and HTTP

• sug: r-cran-jsonlite

  Robust, High Performance JSON Parser and Generator for R

• sug: r-cran-knitr

  GNU R package for dynamic report generation using Literate Programming

• sug: r-cran-magick

  advanced graphics and image-processing in GNU R

• sug: r-cran-runit

  paquet de GNU R fournissant un cadriciel de tests unitaires

Télécharger r-bioc-variantannotation

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
amd64	3 425,5 ko	6 760,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	3 408,1 ko	6 776,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	3 398,1 ko	6 878,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	3 459,2 ko	7 032,0 ko	[liste des fichiers]
riscv64	3 437,7 ko	6 612,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	3 440,0 ko	6 860,0 ko	[liste des fichiers]