Paquet : python3-freecontact (1.1-8)

[ Paquet source : python-freecontact  ]

fast protein contact predictor - binding for Python3

FreeContact is a protein residue contact predictor optimized for speed. Its input is a multiple sequence alignment. FreeContact can function as an accelerated drop-in for the published contact predictors EVfold-mfDCA of DS. Marks (2011) and PSICOV of D. Jones (2011).

FreeContact is accelerated by a combination of vector instructions, multiple threads, and faster implementation of key parts. Depending on the alignment, 8-fold or higher speedups are possible.

A sufficiently large alignment is required for meaningful results. As a minimum, an alignment with an effective (after-weighting) sequence count bigger than the length of the query sequence should be used. Alignments with tens of thousands of (effective) sequences are considered good input.

jackhmmer(1) from the hmmer package, or hhblits(1) from hhsuite can be used to generate the alignments, for example.

This package contains the Python3 binding.

Autres paquets associés à python3-freecontact

• dep: libboost-python1.83.0 (>= 1.83.0)

  bibliothèque Boost.Python

• dep: libboost-python1.83.0-py312

  paquet virtuel fourni par libboost-python1.83.0

• dep: libc6 (>= 2.32)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

• dep: libfreecontact0t64 (>= 1.0.21)

  fast protein contact predictor library

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [non armel, armhf]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

• dep: libstdc++6 (>= 11)

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

• dep: python3 (<< 3.13)

  langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3

  dep: python3 (>= 3.12~)

Télécharger python3-freecontact

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
amd64	74,8 ko	266,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	72,2 ko	274,0 ko	[liste des fichiers]
armel	70,7 ko	253,0 ko	[liste des fichiers]
armhf	71,4 ko	233,0 ko	[liste des fichiers]
i386	76,6 ko	265,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	71,5 ko	280,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	75,2 ko	338,0 ko	[liste des fichiers]
riscv64	74,0 ko	246,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	73,8 ko	262,0 ko	[liste des fichiers]