Paquet : prokka (1.14.6+dfsg-6)

[ Paquet source : prokka  ]

rapid annotation of prokaryotic genomes

A typical 4 Mbp genome can be fully annotated in less than 10 minutes on a quad-core computer, and scales well to 32 core SMP systems. It produces GFF3, GBK and SQN files that are ready for editing in Sequin and ultimately submitted to Genbank/DDJB/ENA.

Autres paquets associés à prokka

• dep: aragorn

  détection ARNt et ARNtm dans les séquences de nucléotides

• dep: default-jre

  environnement d'exécution Java standard ou compatible

• dep: hmmer

  profilage de modèles de Markov cachés pour la recherche de séquences

• dep: infernal

  inférence d’alignements structurels secondaires d’ARN

• dep: less

  programme de pagination similaire à more

• dep: libbio-perl-perl

  modules Perl principaux de BioPerl

• dep: libbio-searchio-hmmer-perl

  perl parser for HMMER2 and HMMER3 output (hmmscan, hmmsearch, hmmpfam)

• dep: libswiss-perl

  Perl API to the UniProt database

• dep: libxml-simple-perl

  Perl module for reading and writing XML

• dep: ncbi-blast+

  suite d'outils de recherche de séquences BLAST de dernière génération

• dep: ncbi-tools-bin

  bibliothèques du NCBI pour applications de biologie –⋅utilitaires en mode texte

• dep: parallel

  build and execute command lines from standard input in parallel

• dep: perl

  langage de rapports et d'extractions pratiques de Larry Wall

• dep: prodigal

  Microbial (bacterial and archaeal) gene finding program

Télécharger prokka

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
all	14 855,6 ko	106 501,0 ko	[liste des fichiers]