Paquet : prokka (1.14.6+dfsg-3)

[ Paquet source : prokka  ]

rapid annotation of prokaryotic genomes

A typical 4 Mbp genome can be fully annotated in less than 10 minutes on a quad-core computer, and scales well to 32 core SMP systems. It produces GFF3, GBK and SQN files that are ready for editing in Sequin and ultimately submitted to Genbank/DDJB/ENA.

Autres paquets associés à prokka

• dep: aragorn

  détection ARNt et ARNtm dans les séquences de nucléotides

• dep: default-jre

  environnement d'exécution Java standard ou compatible

• dep: hmmer

  profilage de modèles de Markov cachés pour la recherche de séquences

• dep: infernal

  inférence d’alignements structurels secondaires d’ARN

• dep: less

  programme de pagination similaire à more

• dep: libbio-perl-perl

  modules Perl principaux de BioPerl

• dep: libbio-searchio-hmmer-perl

  perl parser for HMMER2 and HMMER3 output (hmmscan, hmmsearch, hmmpfam)

• dep: libswiss-perl

  Perl API to the UniProt database

• dep: libxml-simple-perl

  Perl module for reading and writing XML

• dep: ncbi-blast+ (>= 2.8)

  suite d'outils de recherche de séquences BLAST de dernière génération

• dep: ncbi-tools-bin

  bibliothèques du NCBI pour applications de biologie –⋅utilitaires en mode texte

• dep: parallel

  build and execute command lines from standard input in parallel

• dep: perl

  langage de rapports et d'extractions pratiques de Larry Wall

• dep: prodigal

  Microbial (bacterial and archaeal) gene finding program

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
amd64	9 734,2 ko	92 548,0 ko	[liste des fichiers]