Paquet : r-bioc-fishpond (2.10.0+ds-1)

[ Paquet source : r-bioc-fishpond  ]

Differential transcript and gene expression with inferential replicates

Fishpond contains methods for differential transcript and gene expression analysis of RNA-seq data using inferential replicates for uncertainty of abundance quantification, as generated by Gibbs sampling or bootstrap sampling. Also the package contains utilities for working with Salmon and Alevin quantification files.

Autres paquets associés à r-bioc-fishpond

• dep: r-api-4.0

  paquet virtuel fourni par r-base-core

• dep: r-api-bioc-3.19

  paquet virtuel fourni par r-bioc-biocgenerics

• dep: r-bioc-genomicranges (>= 1.56.1)

  BioConductor representation and manipulation of genomic intervals

• dep: r-bioc-iranges (>= 2.38.1)

  conteneurs de bas niveau de GNU R de stockage de plages d’entiers

• dep: r-bioc-qvalue (>= 2.36.0)

  paquet de GNU R pour une estimation de valeurs-q pour le contrôle FDR

• dep: r-bioc-s4vectors (>= 0.42.1)

  BioConductor S4 implementation of vectors and lists

• dep: r-bioc-singlecellexperiment (>= 1.26.0)

  S4 Classes for Single Cell Data

• dep: r-bioc-summarizedexperiment (>= 1.34.0)

  BioConductor assay container

• dep: r-cran-abind

  Fonction abind de combinaison de tableaux multi-dimentionnels pour GNU R

• dep: r-cran-gtools

  paquet GNU R avec des outils de programmation en R par Greg Warnes et al.

• dep: r-cran-jsonlite

  Robust, High Performance JSON Parser and Generator for R

• dep: r-cran-matrix

  paquet de GNU R de classes pour les matrices denses et creuses

• dep: r-cran-matrixstats

  GNU R methods that apply to rows and columns of a matrix

• dep: r-cran-svmisc

  SciViews – fonctions diverses

• sug: r-bioc-annotationdbi (>= 1.66.0)

  GNU R Annotation Database Interface pour BioConductor

• sug: r-bioc-deseq2 (>= 1.44.0)

  R package for RNA-Seq Differential Expression Analysis

• sug: r-bioc-ensembldb (>= 2.28.0)

  GNU R utilities to create and use an Ensembl based annotation database

• sug: r-bioc-genomeinfodb (>= 1.40.1)

  BioConductor utilities for manipulating chromosome identifiers

• sug: r-bioc-genomicfeatures (>= 1.56.0)

  GNU R tools for making and manipulating transcript centric annotations

• sug: r-bioc-gviz (>= 1.48.0)

  Plotting data and annotation information along genomic coordinates

• sug: r-bioc-limma (>= 3.60.4)

  modèles linéaires pour des données de biopuce (microarray)

• sug: r-bioc-org.hs.eg.db (>= 3.19.1)

  genome-wide annotation for Human

• sug: r-bioc-tximeta (>= 1.22.1)

  Transcript Quantification Import with Automatic Metadata

• sug: r-bioc-tximportdata (>= 1.32.0)

  quantificateurs d’abondance de transcriptions diverses avec GNU R

• sug: r-cran-data.table

  GNU R extension of Data.frame

• sug: r-cran-knitr

  GNU R package for dynamic report generation using Literate Programming

• sug: r-cran-pheatmap

  GNU R package to create pretty heatmaps

• sug: r-cran-rmarkdown

  convert R markdown documents into a variety of formats

• sug: r-cran-samr

  GNU R significance analysis of microarrays

• sug: r-cran-testthat

  GNU R testsuite

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