Paquet : r-bioc-genomicranges (1.56.1+dfsg-1)

[ Paquet source : r-bioc-genomicranges  ]

BioConductor representation and manipulation of genomic intervals

The ability to efficiently store genomic annotations and alignments is playing a central role when it comes to analyze high-throughput sequencing data (a.k.a. NGS data). The package defines general purpose containers for storing genomic intervals as well as more specialized containers for storing alignments against a reference genome.

Autres paquets associés à r-bioc-genomicranges

• dep: libc6 (>= 2.4)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

• dep: r-api-4.0

  paquet virtuel fourni par r-base-core

• dep: r-api-bioc-3.19

  paquet virtuel fourni par r-bioc-biocgenerics

• dep: r-bioc-biocgenerics (>= 0.50.0)

  generic functions for Bioconductor

• dep: r-bioc-genomeinfodb (>= 1.40.1)

  BioConductor utilities for manipulating chromosome identifiers

• dep: r-bioc-iranges (>= 2.38.1)

  conteneurs de bas niveau de GNU R de stockage de plages d’entiers

• dep: r-bioc-s4vectors (>= 0.42.1)

  BioConductor S4 implementation of vectors and lists

• dep: r-bioc-xvector (>= 0.44.0)

  BioConductor representation and manpulation of external sequences

• sug: r-bioc-annotate (>= 1.82.0)

  annotations de BioConductor pour les puces à ADN

• sug: r-bioc-annotationdbi (>= 1.66.0)

  GNU R Annotation Database Interface pour BioConductor

• sug: r-bioc-annotationhub (>= 3.12.0)

  client GNU R pour accéder aux ressources d'AnnotationHub

• sug: r-bioc-biobase (>= 2.64.0)

  fonctions de base pour Bioconductor

• sug: r-bioc-biocstyle (>= 2.32.1)

  standard styles for vignettes and other Bioconductor documents

• sug: r-bioc-biostrings (>= 2.72.1)

  GNU R string objects representing biological sequences

• sug: r-bioc-bsgenome (>= 1.72.0)

  infrastructure de BioConductor pour les paquets de données de génome basés sur Biostrings

• sug: r-bioc-deseq2 (>= 1.44.0)

  R package for RNA-Seq Differential Expression Analysis

• sug: r-bioc-dexseq (>= 1.50.0)

  GNU R inference of differential exon usage in RNA-Seq

• sug: r-bioc-edger (>= 4.2.0)

  analyse empirique de données numériques d’expressions de gène avec R

• sug: r-bioc-genomicalignments (>= 1.40.0)

  BioConductor representation and manipulation of short genomic alignments

• sug: r-bioc-genomicfeatures (>= 1.56.0)

  GNU R tools for making and manipulating transcript centric annotations

• sug: r-bioc-gviz (>= 1.48.0)

  Plotting data and annotation information along genomic coordinates

• sug: r-bioc-keggrest (>= 1.44.1)

  GNU R client-side REST access to KEGG

• sug: r-bioc-rsamtools (>= 2.20.0)

  importation de fichiers BAM, BCF et tabix pour GNU R

• sug: r-bioc-rtracklayer (>= 1.64.0)

  GNU R interface to genome browsers and their annotation tracks

• sug: r-bioc-summarizedexperiment (>= 1.34.0)

  BioConductor assay container

• sug: r-bioc-variantannotation (>= 1.50.0)

  BioConductor annotation of genetic variants

• sug: r-cran-digest

  GNU R package for 'hash digest' of R data structures

• sug: r-cran-knitr

  GNU R package for dynamic report generation using Literate Programming

• sug: r-cran-matrix

  paquet de GNU R de classes pour les matrices denses et creuses

• sug: r-cran-rmarkdown

  convert R markdown documents into a variety of formats

• sug: r-cran-runit

  paquet de GNU R fournissant un cadriciel de tests unitaires

Télécharger r-bioc-genomicranges

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
amd64	1 799,1 ko	2 804,0 ko	[liste des fichiers]