Paquet : shovill (1.1.0-7) [debports]

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assemblage de génomes d’isolats bactériens à partir de lectures paired-end Illumina

Shovill est un pipeline qui utilise SPAdes comme cœur, mais qui modifie les étapes avant et après la première étape d’assemblage pour obtenir des résultats similaires en moins de temps. Shovill prend en charge d’autres assembleurs tels que SKESA, Velvet et Megahit, aussi il est possible avec ceux-ci de profiter des avantages de pré et post-traitement fournis par Shovill.

Autres paquets associés à shovill

• dep: bwa

  dispositif d'alignement Burrows-Wheeler

• dep: flash

  Fast Length Adjustment of SHort reads

• dep: kmc

  décompte de k-mers dans des séquences de génome

• dep: lighter

  fast and memory-efficient sequencing error corrector

• dep: megahit

  ultra-fast and memory-efficient meta-genome assembler

• dep: perl

  langage de rapports et d'extractions pratiques de Larry Wall

• dep: pigz

  implémentation parallèle de gzip

• dep: pilon

  automated genome assembly improvement and variant detection tool

• dep: samclip

  filter SAM file for soft and hard clipped alignments

• dep: samtools

  traitement d'alignements de séquence pour les formats SAM et BAM et CRAM

• dep: seqtk

  Fast and lightweight tool for processing sequences in the FASTA or FASTQ format

• dep: skesa

  strategic Kmer extension for scrupulous assemblies

• dep: spades

  assembleur génomique pour des ensembles de données de « single-cell » et « isolates »

• dep: trimmomatic

  outil flexible de découpage de lecture pour les données Illumina NGS

• dep: velvet

  assembleur de séquences d'acides nucléiques pour de très courtes lectures

Télécharger shovill

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
sparc64 (portage non officiel)	13,1 ko	40,0 ko	[liste des fichiers]