Paquet : bowtie (1.3.1-3)
Liens pour bowtie
Ressources Debian :
- Rapports de bogues
- Developer Information
- Journal des modifications Debian
- Fichier de licence
- Suivis des correctifs pour Debian
Télécharger le paquet source bowtie :
Responsables :
- Debian Med Packaging Team (Page QA, Archive du courrier électronique)
- Steffen Moeller (Page QA)
- Andreas Tille (Page QA)
- Ognyan Kulev (Page QA)
- Stephan Struckmann (Page QA)
- Alexandre Mestiashvili (Page QA)
Ressources externes :
- Page d'accueil [bowtie-bio.sourceforge.net]
Paquets similaires :
aligneur ultra-rapide de lectures courtes avec une faible empreinte mémoire
Ce paquet aborde le problème de l'interprétation des résultats des dernières technologies (2010) de séquençage de l'ADN. Celles-ci produiront des étirements assez courts et qui ne peuvent pas directement être interprétés. C'est le défi d'outils comme Bowtie de donner un emplacement chromosomique aux courts étirements de l'ADN séquencé à chaque exécution.
Bowtie aligne des (lectures de) séquences d'ADN du génome humain à un débit de 25 millions de lectures de paires de bases 35 par heure. Le paquet Bowtie indexe le génome humain avec un indice de Burrows-Wheeler pour garder une faible empreinte mémoire : typiquement environ 2,2 Go pour le génome humain (2,9 Go pour le séquençage à partir des deux extrémités).
Autres paquets associés à bowtie
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- dep: libc6 (>= 2.34)
- bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb
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- dep: libgcc-s1 (>= 3.4)
- bibliothèque de prise en charge de GCC
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- dep: libstdc++6 (>= 13.1)
- bibliothèque standard C++ de GNU v3
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- dep: python3
- langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3
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- dep: zlib1g (>= 1:1.2.6)
- Bibliothèque de compression - binaires
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- sug: bowtie-examples
- exemples pour bowtie, l'aligneur de lectures courtes ultra rapide et efficace en mémoire
Télécharger bowtie
Architecture | Taille du paquet | Espace occupé une fois installé | Fichiers |
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riscv64 | 1 510,0 ko | 5 365,0 ko | [liste des fichiers] |