Paket: bowtie (1.3.1-3)
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Betreuer:
- Debian Med Packaging Team (QS-Seite, E-Mail-Archiv)
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- Andreas Tille (QS-Seite)
- Ognyan Kulev (QS-Seite)
- Stephan Struckmann (QS-Seite)
- Alexandre Mestiashvili (QS-Seite)
Externe Ressourcen:
- Homepage [bowtie-bio.sourceforge.net]
Ähnliche Pakete:
Ultraschnelles und speichersparendes Alignmentprogramm für kurze DNA-Sequenzen
Dieses Paket beschäftigt sich mit dem Problem die Resultate der neuesten (2010) DNA-Sequenziertechniken zu interpretieren. Diese Techniken ergeben ziemlich kurze Sequenzen, die nicht direkt interpretiert werden können. Es ist die Aufgabe für Werkzeuge wie Bowtie den chromosomalen Ort (Locus) der kurzen DNA-Sequenzen festzustellen.
Bowtie führt Alignments kurzer DNA-Sequenzen (Reads) mit dem menschlichen Genom durch, mit einer Rate von über 25 Millionen Reads (mit einer Länge von 35 Basenpaaren) pro Stunde. Bowtie indiziert das Genom mit einer Burrows-Wheeler-Transformation, um den Speicherverbrauch gering zu halten; normalerweise etwa 2,2 GB für das menschliche Genom (2,9 GB für »paired- end«).
Andere Pakete mit Bezug zu bowtie
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- dep: libc6 (>= 2.34)
- GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb
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- dep: libgcc-s1 (>= 3.4)
- GCC Support-Bibliothek
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- dep: libstdc++6 (>= 13.1)
- GNU-Implementierung der Standard-C++-Bibliothek (Version 3)
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- dep: python3
- interactive high-level object-oriented language (default python3 version)
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- dep: zlib1g (>= 1:1.2.6)
- Kompressions-Bibliothek - Laufzeit
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- sug: bowtie-examples
- Ultraschnelles und speichersparendes Alignmentprogramm für kurze DNA-Sequenzen - Beispiele
bowtie herunterladen
Architektur | Paketgröße | Größe (installiert) | Dateien |
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riscv64 | 1.510,0 kB | 5.365,0 kB | [Liste der Dateien] |