Paquet : python3-pdb2pqr (3.6.1+dfsg-1)

[ Paquet source : pdb2pqr  ]

préparation de structures de protéine pour des calculs d’électrostatisme

PDB2PQR est un paquet de Python qui automatise beaucoup des tâches courantes de préparation de structures de continuum électrostatique. Il fournit donc un utilitaire indépendant de la plateforme pour convertir les fichiers de protéine au format PDB au format PQR. Cet tâches comprennent :

 – l’ajout d’un nombre limité d’atomes lourds manquants aux structures
   biomoléculaires ;
 – la détermination des pKa des chaines latérales ;
 – le placement d’hydrogène manquant ;
 – l’optimisation de la protéine pour une liaison favorable de l’hydrogène ;
 – l’assignation de paramètres de charge et de rayon pour divers champs de
   force.

Autres paquets associés à python3-pdb2pqr

• dep: python3

  langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3

• dep: python3-docutils

  système de traitement de texte pour reStructuredText – implémentation en Python 3

• dep: python3-numpy

  gestion rapide des tableaux pour le langage Python – Python 3

• dep: python3-pdbx

  utilities for PDBx/mmCIF storage model (Python 3)

• dep: python3-propka

  heuristic pKa calculations with ligands (Python 3)

• dep: python3-requests

  bibliothèque HTTP simple et élégante pour Python3, construite pour les êtres humains

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
all	132,6 ko	1 142,0 ko	[liste des fichiers]