Paquet : ariba (2.14.7+ds-2 et autres)
Liens pour ariba
Ressources Debian :
- Rapports de bogues
- Developer Information
- Journal des modifications Debian
- Fichier de licence
- Suivis des correctifs pour Debian
Télécharger le paquet source ariba :
Responsables :
- Debian Med Packaging Team (Page QA, Archive du courrier électronique)
- Sascha Steinbiss (Page QA)
- Étienne Mollier (Page QA)
Ressources externes :
- Page d'accueil [github.com]
Paquets similaires :
identification de résistance antibiotique par assemblage
ARIBA est un outil identifiant les gènes de résistance antibiotique en lançant des assemblages locaux. L'entrée est un fichier FASTA de gènes de référence et de lectures de séquençages appairés. ARIBA rapporte les gènes de référence trouvés ainsi que des informations supplémentaires sur la qualité des assemblages et de toutes les variantes entre les lectures de séquençage et les gènes de référence.
Autres paquets associés à ariba
|
|
|
|
-
- dep: bowtie2
- aligneur ultra-rapide de lectures courtes avec une faible empreinte mémoire
-
- dep: cd-hit
- suite de programmes conçus pour grouper rapidement des séquences
-
- dep: fastaq
- outils de manipulation de fichiers FASTA ou FASTQ
-
- dep: libc6 (>= 2.4)
- bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb
-
- dep: libfml0 (>= 0.1)
- library for assembling Illumina short reads in small regions
-
- dep: libgcc-s1 (>= 3.0)
- bibliothèque de prise en charge de GCC
-
- dep: libminimap0 (>= 0.2)
- library for approximate mapping of long biosequences
-
- dep: libstdc++6 (>= 13.1)
- bibliothèque standard C++ de GNU v3
-
- dep: mash
- estimation rapide de distance entre génomes et métagénomes utilisant MinHash
-
- dep: mummer
- Alignement de séquence efficace de génomes complets
-
- dep: python3
- langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3
- dep: python3 (<< 3.13)
- dep: python3 (>= 3.12~)
-
- dep: python3-biopython
- bibliothèque de Python 3 pour la bio-informatique
-
- dep: python3-bs4 (>= 4.1.0)
- error-tolerant HTML parser for Python 3
-
- dep: python3-dendropy
- DendroPy Phylogenetic Computing Library (Python 3)
-
- dep: python3-matplotlib
- système de traçage basé sur Python dans un style similaire à celui Matlab
-
- dep: python3-pymummer
- Python 3 interface to MUMmer
-
- dep: python3-pysam
- interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)
-
- dep: python3-tk
- Tkinter - Writing Tk applications with Python 3.x
-
- dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)
- Bibliothèque de compression - binaires
-
- sug: spades
- assembleur génomique pour des ensembles de données de « single-cell » et « isolates »
Télécharger ariba
Architecture | Version | Taille du paquet | Espace occupé une fois installé | Fichiers |
---|---|---|---|---|
mips64el | 2.14.7+ds-2+b1 | 1 907,4 ko | 20 536,0 ko | [liste des fichiers] |