Paquet : python3-unifrac (1.1.1-2) [debports]

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calcul de haute performance de diversité phylogénétique

Il s’agit du dépôt de facto pour le calcul de haute performance de diversité phylogénétique. Les méthodes dans ce dépôt sont basées sur une mise en œuvre de l’algorithme Strided State UniFrac qui est plus rapide et utilise moins de mémoire que Fast UniFrac. Strided State UniFrac prend en charge Unweighted UniFrac, Weighted UniFrac, Generalized UniFrac, Variance Adjusted UniFrac et meta UniFrac. Ce dépôt inclut aussi Stacked Faith, une méthode pour calculer la diversité phylogénétique de confiance (Faith's PD), qui est plus rapide et utilise moins de mémoire que l’implémentation de référence basée sur Fast UniFrac.

Ce paquet fournit le module Python3.

Autres paquets associés à python3-unifrac

• dep: cython3

  extensions en C pour Python 3

• dep: libc6 (>= 2.4)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

• dep: libssu0 (>= 1.1.1)

  high-performance phylogenetic diversity calculations (lib)

• dep: python3

  langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3

  dep: python3 (<< 3.12)

  dep: python3 (>= 3.10~)

• dep: python3-biom-format

  format de matrice d'observation biologique (BIOM) – Python 3

• dep: python3-h5py-serial

  general-purpose Python interface to hdf5 (Python 3 serial)

• dep: python3-iow

  balanced parentheses tree structure

• dep: python3-numpy

  bibliothèque de Python pour des calculs numériques – Python 3

• dep: python3-skbio

  Python3 data structures, algorithms, educational resources for bioinformatic

Télécharger python3-unifrac

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
m68k (portage non officiel)	135,9 ko	715,0 ko	[liste des fichiers]