Paquet : iqtree (2.0.7+dfsg-1 et autres)

[ Paquet source : iqtree  ]

logiciel phylogénétique de maximum de vraisemblance

IQ-TREE est logiciel phylogénétique de maximum de vraisemblance très efficace avec, entre autres, les fonctions clés suivantes :

 .
  – un nouvel algorithme stochastique rapide et efficace pour estimer les
    arbres de maximum de vraisemblance. IQ-TREE surpasse RAxML et PhyML en
    termes de vraisemblance tout en requérant le même temps de calcul
    (consulter Nguyen et al., 2015) ;
  – une approximation par technique de bootstrap ultra-rapide pour estimer
    la prise en charge de branches (consulter Minh et al., 2013) ;
  – une grande diversité de modèles de substitution pour des alignements
    binaires, d’ADN, de protéines, de codons ou morphologiques ;
  – une sélection de modèle ultra-rapide pour tous les types de données,
    10 à 100 fois plus rapide que jModelTest et ProtTest ;
  – une découverte du meilleur schéma de partition comme PartitionFinder ;
  – des modèles de partition avec des types mélangés de données pour les
    alignements de phylogénomique (multi-gène), permettant des longueurs
    de branches distinctes, proportionnelles ou jointes entre les gènes ;
  – la prise en charge de la bibliothèque PLL (bibliothèque phylogénétique
    de vraisemblance) (consulter Flouri et al., 2014).

Autres paquets associés à iqtree

• dep: libc6 (>= 2.38)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 4.0) [amd64]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386]

• dep: libgomp1 (>= 6)

  bibliothèque GCC pour OpenMP (GOMP)

• dep: libmpich12 (>= 4.2.0) [i386]

  Shared libraries for MPICH

• dep: libopenmpi40 (>= 5.0.6) [amd64]

  high performance message passing library -- shared library

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [i386]

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

  dep: libstdc++6 (>= 14) [amd64]

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Bibliothèque de compression - binaires

Télécharger iqtree

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
amd64	2.0.7+dfsg-1+b2	3 566,8 ko	25 632,0 ko	[liste des fichiers]
i386	2.0.7+dfsg-1+b2	3 153,6 ko	22 295,0 ko	[liste des fichiers]