Paquet : skewer (0.2.2-6) [debports]

[ Paquet source :  ]

post-processing of high-throughput DNA sequence reads

skewer implements the bit-masked k-difference matching algorithm dedicated to the task of adapter trimming and it is specially designed for processing next-generation sequencing (NGS) paired-end sequences.

Features

 * Detection and removal of adapter sequences
 * Insertion and deletion allowed in pattern matching
 * Targeted at Single End, Paired End (PE), and Long Mate Pair (LMP) reads
 * Demultiplexing of barcoded sequencing runs
 * Multi-threading support
 * Trimming based on phred quality scores
 * IUPAC characters for barcodes and adapters
 * Compressed input and output support

Autres paquets associés à skewer

• dep: libc6.1 (>= 2.32)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6.1-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 4.2)

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libstdc++6 (>= 11)

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

• dep: libunwind8

  bibliothèque pour déterminer la chaîne d'appel d'un programme –⋅exécutable

Télécharger skewer

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
ia64 (portage non officiel)	107,3 ko	387,0 ko	[liste des fichiers]