Paquet : flye (2.9.3+dfsg2-1) [debports]

[ Paquet source :  ]

assembleur de novo pour les lectures de séquençage de molécule unique utilisant un graphe de répétitions

Flye est un assembleur de novo pour les lectures de séquençage de molécule unique, telles que celles produites par PacBio et « Oxford Nanopore Technologies ». Il est conçu pour une large diversité d’ensembles de données, du petit projet concernant des bactéries aux assemblages à l’échelle de mammifères. Ce paquet constitue une chaine complète : il prend en entrée des chaines brutes de PacBio ou ONT et produit des contigs propres. Flye possède aussi un mode spécial pour les assemblages de métagénome.

Autres paquets associés à flye

• dep: libc6.1 (>= 2.37)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6.1-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 4.2)

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

• dep: libunwind8

  bibliothèque pour déterminer la chaîne d'appel d'un programme –⋅exécutable

• dep: minimap2

  versatile pairwise aligner for genomic and spliced nucleotide sequences

• dep: python3

  langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3

• dep: python3-six

  bibliothèque de compatibilité Python 2 et 3 – interface Python⋅3

• dep: samtools

  traitement d'alignements de séquence pour les formats SAM et BAM et CRAM

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Bibliothèque de compression - binaires

Télécharger flye

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
ia64 (portage non officiel)	22 763,6 ko	38 428,0 ko	[liste des fichiers]