Paquet : centrifuge (1.0.3-12) [debports]

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système rapide et économe en mémoire de classification de séquences ADN

Centrifuge est un système très rapide et économe en mémoire de classification de séquences ADN d’échantillons microbiens, avec une meilleure sensibilité et une précision similaire que d’autres systèmes éminents. Le système utilise an nouveau schéma d’indexation basé sur la transformation de Burrows-Wheeler (BWT) et l’index de Ferragina-Manzini (FM), optimisés spécifiquement pour le problème de classification métagénomique. Centrifuge nécessite un index relativement petit (par exemple, 4,3 Go pour environ 4100 génomes de bactéries), mais propose une vitesse de classification très rapide lui permettant de procéder à une séquençage ADN classique en une heure. Ces avancées permettent une analyse rapide et précise de grands ensembles de données métagénomiques sur des ordinateurs de bureau conventionnels.

Autres paquets associés à centrifuge

• dep: hisat2

  graph-based alignment of short nucleotide reads to many genomes

• dep: jellyfish

  count k-mers in DNA sequences

• dep: libc6.1 (>= 2.37)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6.1-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 4.2)

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

• dep: libunwind8

  bibliothèque pour déterminer la chaîne d'appel d'un programme –⋅exécutable

• dep: python3

  langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
ia64 (portage non officiel)	779,7 ko	3 011,0 ko	[liste des fichiers]