Paquet : seaview (1:5.0.5-2 et autres)

[ Paquet source : seaview  ]

interface multiplateforme pour l’alignement de séquences et la phylogénie

SeaView est un visualisateur et un éditeur pour des alignements multiples de séquence, c'est-à-dire, des séquences d’ADN ou de protéines sont chacune positionnées dans leur propre ligne distincte, de telle façon les acides aminés ou nucléiques à une position particulière (colonne) sont supposées avoir les mêmes propriétés biochimiques.

SeaView lit et écrit divers formats de fichiers (NEXUS, MSF, CLUSTAL, FASTA, PHYLIP, MASE, Newick) de séquences d’ADN et de protéines et d’arbres phylogénétiques. Les alignements peuvent être édités manuellement. Il pilote les programmes Muscle ou Clustal Omega pour des alignements multiples de séquences, et permet aussi d’utiliser n’importe quel algorithme externe d’alignement capable de lire et d'écrire des fichiers au format FASTA. Il calcule les arbres phylogénétiques selon la parcimonie en utilisant les algorithmes dnapars et protpars de PHYLIP, selon la distance avec les algorithmes NJ ou BioNJ pour diverses distances d’évolution, ou selon le maximum de vraisemblance en utilisant le programme PhyML 3.0.

SeaView dessine les arbres phylogénétiques sur l’écran ou dans des fichiers PostScript, et permet de télécharger des séquences d’EMBL, GenBank ou UniProt grâce à Internet.

Étiquettes: Domaine: Biologie, Bio-informatique, Mis en œuvre en: implemented-in::c, implemented-in::c++, Interface utilisateur: Ligne de commande, interface::graphical, interface::x11, Réseau: Client, Protocole réseau: Étiquette supplémentaire nécessaire, Rôle: role::program, scope::utility, Boîte à outils d'interface utilisateur: FLTK, But: Étiquette supplémentaire nécessaire, use::comparing, use::editing, Impression, use::viewing, works-with-format::plaintext, Fonctionne avec: works-with::biological-sequence, x11::application

Autres paquets associés à seaview

• dep: libc6 (>= 2.34)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

• dep: libfltk-images1.3t64

  Fast Light Toolkit - image loading support

• dep: libfltk1.3t64 (>= 1.3.4)

  Fast Light Toolkit - main shared library

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Bibliothèque de compression - binaires

• rec: clustalo

  programme à usage général d'alignement de plusieurs séquences pour les protéines

• rec: muscle

  programme d'alignements multiples de séquences de protéine

• rec: phyml

  estimation phylogénétique utilisant la probabilité maximale

Télécharger seaview

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
i386	1:5.0.5-2+b1	398,0 ko	1 069,0 ko	[liste des fichiers]