Paquet : topp (2.6.0+cleaned1-4) [debports]

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ensemble de programmes implémentant The OpenMS Proteomic Pipeline

TOPP (the OpenMS proteomic pipeline) est un pipeline d'analyse de données HPLC/MS. C'est un ensemble de nombreuses petites applications qu'on peut chaîner pour créer des pipelines d'analyse adapés à un problème particulier. Les applications utilisent la bibliothèque libopenms. Certains exemples de ces explications sont :

  - TOPPView : un visionneur de données spectométriques de masse.
  - TOPPAS : un assistant pour concevoir graphiquement des flux TOPP
  - DTAExtractor : extrait des spectres d'un fichier MS run en plusieurs fichiers
    au format DTA.
  - FileConverter :  Conversion entre divers formats de fichiers MS.
  - FileFilter : Extrait ou manipule des morceaux de données issues de fichiers peak,
    feature ou consensus feature.
  - SpectraMerger : Fusionne des spectres issus d'un plan LC/MS, en précurseur
    ou en blocs RT.
  - BaselineFilter : supprime la ligne d'un profil de spectre en utilisant un
    filtre top-hat.
  - InternalCalibration : Utilisé pour une calibration intrne.
  - PTModel : Entraîne un modèle de prédiction des peptides protéotypiques
    à partir d'un plan d'entraînement.
  - RTPredict : Prédit des temps de rétention pour des peptides en utilisant un
    modèle entraîné par RTModel.
  - ExecutePipeline : Exécute des flux de travail créés par TOPPAS.

Autres paquets associés à topp

• dep: libc6 (>= 2.34)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1)

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libgomp1 (>= 6)

  bibliothèque GCC pour OpenMP (GOMP)

• dep: libopenms2.6.0 (= 2.6.0+cleaned1-4)

  library for LC/MS data management and analysis - runtime

• dep: libqt5core5a (>= 5.11.3)

  module principal de QT⋅5

• dep: libqt5gui5 (>= 5.11.3)

  module Qt⋅5 d'interface graphique

  ou libqt5gui5-gles (>= 5.11.3)

  Qt 5 GUI module — OpenGL ES variant

• dep: libqt5widgets5 (>= 5.11.3)

  module de widgets de Qt⋅5

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

• dep: libxerces-c3.2

  validating XML parser library for C++

• dep: openms-common (= 2.6.0+cleaned1-4)

  package for LC/MS data management and analysis - shared data

• sug: openms-doc

  package for LC/MS data management and analysis - documentation

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
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