Paquet : autogrid (4.2.6-9 et autres)

[ Paquet source : autodocksuite  ]

Pré-calculer les liaisons de ligands à leur récepteur

AutoDockSuite permet l'analyse de l'amarrage de molécules de faible poids moléculaire à des récepteurs dont la structure tri-dimensionnelle est connue.

Le programme AutoGrid crée les grilles calculées en prévision de l'amarrage moléculaire de ligands à des grilles qui décrivent l'effet de l'environnement créé par la protéine sur des sondes moléculaires ponctuelles, chargées ou non, permettant de décrire les différents types d'interactions intermoléculaires ligand-protéine (charges positives, négatives, liaisons hydrogènes accepteur, liaisons hydrogènes donneur, hydrophobe, aliphatique, ...). L'effet de ces forces est ensuite analysé avec le programme AutoDock.

Étiquettes: Domaine: Biologie, Biologie structurale, Mis en œuvre en: implemented-in::c++, interface::commandline, Rôle: Programme, Champ d'application: Utilitaire, But: use::analysing, works-with-format::TODO, Fonctionne avec: Maquette en trois dimensions

Autres paquets associés à autogrid

• dep: libc6 (>= 2.29) [non alpha, ia64, riscv64, sh4]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.33) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.34) [riscv64]

• dep: libc6.1 (>= 2.29) [alpha]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.33) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.3.1) [non armel, armhf, hppa, m68k, ppc64, ppc64el, sh4]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.3.4) [sh4]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4) [ppc64, ppc64el]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [riscv64]

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

  dep: libstdc++6 (>= 5.2) [non riscv64]

• dep: libunwind8 [ia64]

  bibliothèque pour déterminer la chaîne d'appel d'un programme –⋅exécutable

• sug: autodock

  Analyse de liaison de ligand à la structure d'une protéine

• enh: autodock

  Analyse de liaison de ligand à la structure d'une protéine

Télécharger autogrid

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
alpha (portage non officiel)	4.2.6-9	49,4 ko	119,0 ko	[liste des fichiers]
amd64	4.2.6-9	46,8 ko	110,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	4.2.6-9	43,9 ko	98,0 ko	[liste des fichiers]
armel	4.2.6-9	46,6 ko	104,0 ko	[liste des fichiers]
armhf	4.2.6-9	45,2 ko	88,0 ko	[liste des fichiers]
hppa (portage non officiel)	4.2.6-9	48,2 ko	105,0 ko	[liste des fichiers]
i386	4.2.6-9	44,6 ko	100,0 ko	[liste des fichiers]
ia64 (portage non officiel)	4.2.6-9	56,9 ko	178,0 ko	[liste des fichiers]
m68k (portage non officiel)	4.2.6-9	45,2 ko	108,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	4.2.6-9	45,3 ko	108,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64 (portage non officiel)	4.2.6-9	46,9 ko	166,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	4.2.6-9	46,6 ko	166,0 ko	[liste des fichiers]
riscv64	4.2.6-9+b1	45,3 ko	96,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	4.2.6-9	44,1 ko	102,0 ko	[liste des fichiers]
sh4 (portage non officiel)	4.2.6-9	53,2 ko	104,0 ko	[liste des fichiers]
sparc64 (portage non officiel)	4.2.6-9	48,0 ko	128,0 ko	[liste des fichiers]
x32 (portage non officiel)	4.2.6-9	46,9 ko	108,0 ko	[liste des fichiers]