Paquet : q2-quality-control (2024.5.0-1)

[ Paquet source : q2-quality-control  ]

QIIME 2 plugin for quality assurance of feature and sequence data

QIIME 2 is a powerful, extensible, and decentralized microbiome analysis package with a focus on data and analysis transparency. QIIME 2 enables researchers to start an analysis with raw DNA sequence data and finish with publication-quality figures and statistical results. Key features:

 * Integrated and automatic tracking of data provenance
 * Semantic type system
 * Plugin system for extending microbiome analysis functionality
 * Support for multiple types of user interfaces (e.g. API, command line,

graphical)

QIIME 2 is a complete redesign and rewrite of the QIIME 1 microbiome analysis pipeline. QIIME 2 will address many of the limitations of QIIME 1, while retaining the features that makes QIIME 1 a powerful and widely-used analysis pipeline.

QIIME 2 currently supports an initial end-to-end microbiome analysis pipeline. New functionality will regularly become available through QIIME 2 plugins. You can view a list of plugins that are currently available on the QIIME 2 plugin availability page. The future plugins page lists plugins that are being developed.

Autres paquets associés à q2-quality-control

• dep: bowtie2

  aligneur ultra-rapide de lectures courtes avec une faible empreinte mémoire

• dep: ncbi-blast+

  suite d'outils de recherche de séquences BLAST de dernière génération

• dep: python3

  langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3

• dep: python3-biom-format

  format de matrice d'observation biologique (BIOM) – Python 3

• dep: python3-h5py

  interface généraliste de Python pour hdf5

• dep: python3-numpy

  gestion rapide des tableaux pour le langage Python – Python 3

• dep: python3-pandas

  structures de données pour des données « relationnelles » ou « étiquetées »

• dep: python3-scipy (>= 1.10~)

  outils scientifiques pour Python 3

• dep: python3-seaborn

  bibliothèque de visualisation de statistiques pour Python 3

• dep: q2-taxa (>= 2024.5)

  QIIME 2 plugin for working with feature taxonomy annotations

• dep: q2templates (>= 2024.5)

  Design template package for QIIME 2 Plugins

• dep: qiime (>= 2024.5)

  QIIME, Quantitative Insights Into Microbial Ecology

• dep: r-base-core

  noyau de GNU R, un système de calculs statistiques et de graphiques

• dep: r-bioc-decontam

  identify contaminants in marker-gene and metagenomics sequencing sata

• dep: r-cran-optparse

  analyseur syntaxique d’options de ligne de commande de GNU R

• dep: samtools

  traitement d'alignements de séquence pour les formats SAM et BAM et CRAM

• dep: vsearch

  outil pour le traitement de séquences métagénomiques

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
all	711,5 ko	3 746,0 ko	[liste des fichiers]