Paquet : kalign (1:3.4.0-1 et autres)

[ Paquet source : kalign  ]

Alignement séquentiel multiple global et progressif

Kalign est un outil en ligne de commande pour l'alignement de séquences biologiques (ADN, ARN, proteïnes). Il utilise l'algorithme de concordance de chaînes Muth-Manber pour améliorer la précision et la vitesse de l'alignement. Il utilise une démarche d'alignement globale, progressive, enrichie par l'usage d'un algorithme de concordance de chaînes approché pour calculer les différences de séquence et par l'incorporation des correspondances locales dans tout autre alignement global.

Étiquettes: Biologie: Clustal et ALN, Protéines, Domaine: field::biology, field::biology:bioinformatics, Mis en œuvre en: implemented-in::c, interface::commandline, Rôle: Programme, Champ d'application: Utilitaire, But: use::comparing, works-with-format::plaintext, Fonctionne avec: Étiquette supplémentaire nécessaire

Autres paquets associés à kalign

• dep: libc6 (>= 2.34)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

• dep: libgomp1 (>= 4.9)

  bibliothèque GCC pour OpenMP (GOMP)

• enh: bioperl-run

  scripts d'enveloppe BioPerl

• enh: t-coffee

  alignement multiple de séquences

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Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
amd64	1:3.4.0-1+b1	134,3 ko	1 127,0 ko	[liste des fichiers]