Paquet : iva (1.0.11+ds-5) [debports]

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assemblage itératif de séquences virales

IVA est un programme d’assemblage de novo conçu pour assembler des génomes de virus n’ayant pas de séquences répétées, utilisant des paires lues par Illumina séquencées à partir de populations mélangées à une profondeur extrêmement élevée.

L’algorithme principal d’IVA fonctionne en étendant de manière itérative des contigs utilisant des paires lues alignées. Son entrée peut être simplement des paires lues ou, en outre, un ensemble de contigs existants peut être fourni pour être étendu. Alternativement, il peut prendre des lectures avec une séquence de référence.

Autres paquets associés à iva

• dep: default-jre-headless

  environnement d'exécution standard Java ou compatible – non graphique

• dep: fastaq

  outils de manipulation de fichiers FASTA ou FASTQ

• dep: kmc

  décompte de k-mers dans des séquences de génome

• dep: mummer

  Alignement de séquence efficace de génomes complets

• dep: perl

  langage de rapports et d'extractions pratiques de Larry Wall

• dep: python3

  langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3

• dep: python3-networkx

  tool to create, manipulate and study complex networks (Python3)

• dep: python3-numpy

  gestion rapide des tableaux pour le langage Python – Python 3

• dep: python3-packaging

  core utilities for python3 packages

• dep: python3-pysam

  interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)

• dep: samtools

  traitement d'alignements de séquence pour les formats SAM et BAM et CRAM

• dep: smalt

  Sequence Mapping and Alignment Tool

• rec: bioperl

  outils en Perl pour la bio-informatique

• rec: r-base-core

  noyau de GNU R, un système de calculs statistiques et de graphiques

• rec: trimmomatic

  outil flexible de découpage de lecture pour les données Illumina NGS

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
alpha (portage non officiel)	8 380,5 ko	8 770,0 ko	[liste des fichiers]