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[ Paquet source : htslib  ]

Paquet : tabix (1.21+ds-0+exp2)

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Paquet « expérimental »

Avertissement : ce paquet appartient à la distribution expérimentale. Cela signifie qu'il peut être instable ou bogué et peut éventuellement causer des pertes de données. Assurez-vous de consulter le journal des modifications (changelog) et les autres documentations existantes avant de l'utiliser.

indexeur générique pour fichiers de positions de génome, délimités par des tabulations

Tabix indexe des fichiers où certaines colonnes indiquent les coordonnées de séquence : nom (habituellement un chromosome), départ et fin. Le fichier de données d'entrée doit être trié en fonction du positionnement et compressé par bgzip (fourni dans ce paquet), qui a une interface similaire à celle de gzip. Après indexation, tabix est en mesure de récupérer rapidement les lignes de données par coordonnées chromosomiques. La récupération rapide des données fonctionne aussi sur le réseau si une URI est donnée comme nom de fichier.

Ce paquet a été compilé à partir du code source de HTSlib et fournit les outils bgzip, htsfile et tabix.

Étiquettes: Mis en œuvre en: C, Rôle: Programme, Sciences: science::calculation, use::calculating, Format pris en charge: HTML, Hypertext Markup Language, Fonctionne avec: Texte

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