Paquet : bwa (0.7.17-8~0exp) [debports]

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Paquet « expérimental »

Avertissement : ce paquet appartient à la distribution expérimentale. Cela signifie qu'il peut être instable ou bogué et peut éventuellement causer des pertes de données. Assurez-vous de consulter le journal des modifications (changelog) et les autres documentations existantes avant de l'utiliser.

dispositif d'alignement Burrows-Wheeler

BWA est un paquet logiciel pour mettre en correspondance des séquences à faible divergence avec un grand génome de référence tel que le génome humain. Il est constitué de trois algorithmes : BWA-backtrack, BWA-SW et BWA-MEM. Le premier algorithme est conçu pour les lectures de séquences Illumina jusqu'à 100 paires de bases, alors que les deux autres sont conçus pour des lectures de séquences allant de 70 à 1 000 paires de bases. BWA-MEM et BWA-SW partagent des fonctionnalités communes telles que la prise en charge des lectures longues et des alignements de découpages (« split alignment »), mais BWA-MEM, plus récent, est généralement recommandé pour les requêtes de haute qualité, car il est plus rapide et plus précis. BWA-MEM a également de meilleures performances que BWA-backtrack pour les lectures Illumina de 70 à 100 paires de bases.

Autres paquets associés à bwa

• dep: libc6.1 (>= 2.36)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6.1-udeb

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Bibliothèque de compression - binaires

• rec: perl

  langage de rapports et d'extractions pratiques de Larry Wall

• sug: samtools

  traitement d'alignements de séquence pour les formats SAM et BAM et CRAM

Télécharger bwa

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
ia64 (portage non officiel)	291,1 ko	962,0 ko	[liste des fichiers]