Paquet : stacks (2.2+dfsg-1)

[ Paquet source : stacks  ]

pipeline for building loci from short-read DNA sequences

Stacks is a software pipeline for building loci from short-read sequences, such as those generated on the Illumina platform. Stacks was developed to work with restriction enzyme-based data, such as RAD-seq, for the purpose of building genetic maps and conducting population genomics and phylogeography.

Note that this package installs Stacks such that all commands must be run as: $ stacks <cmdname> <args>

Autres paquets associés à stacks

• dep: libc6 (>= 2.17)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

• dep: libdbi-perl

  interface base de données en Perl (DBI)

• dep: libgcc1 (>= 1:3.0) [non armhf]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

  dep: libgcc1 (>= 1:3.5) [armhf]

• dep: libgomp1 (>= 4.9)

  bibliothèque GCC pour OpenMP (GOMP)

• dep: libhts2 (>= 1.0)

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

• dep: python

  langage interactif de haut niveau orienté objet (version Python2)

• dep: samtools

  traitement d'alignements de séquence pour les formats SAM et BAM et CRAM

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.6)

  Bibliothèque de compression - binaires

• rec: libspreadsheet-writeexcel-perl

  module to create Excel spreadsheets

Télécharger stacks

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
amd64	927,4 ko	4 887,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	814,6 ko	4 373,0 ko	[liste des fichiers]
armhf	772,8 ko	2 869,0 ko	[liste des fichiers]