Paquet : seaview (1:4.7-1)

[ Paquet source : seaview  ]

Multiplatform interface for sequence alignment and phylogeny

SeaView reads and writes various file formats (NEXUS, MSF, CLUSTAL, FASTA, PHYLIP, MASE, Newick) of DNA and protein sequences and of phylogenetic trees. Alignments can be manually edited. It drives the programs Muscle or Clustal Omega for multiple sequence alignment, and also allows one to use any external alignment algorithm able to read and write FASTA-formatted files. It computes phylogenetic trees by parsimony using PHYLIP's dnapars/protpars algorithm, by distance with NJ or BioNJ algorithms on a variety of evolutionary distances, or by maximum likelihood using the program PhyML 3.0. SeaView draws phylogenetic trees on screen or PostScript files, and allows one to download sequences from EMBL/GenBank/UniProt using the Internet.

Étiquettes: Domaine: Biologie, Bio-informatique, Mis en œuvre en: implemented-in::c, implemented-in::c++, Interface utilisateur: Ligne de commande, interface::graphical, interface::x11, Réseau: Client, Protocole réseau: Étiquette supplémentaire nécessaire, Rôle: role::program, scope::utility, Boîte à outils d'interface utilisateur: FLTK, But: Étiquette supplémentaire nécessaire, use::comparing, use::editing, Impression, use::viewing, works-with-format::plaintext, Fonctionne avec: works-with::biological-sequence, x11::application

Autres paquets associés à seaview

• dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.17) [arm64]

  dep: libc6 (>= 2.7) [armhf, i386]

• dep: libfltk-images1.3

  Fast Light Toolkit - image loading support

• dep: libfltk1.3 (>= 1.3.4)

  Fast Light Toolkit - main shared library

• dep: libgcc1 (>= 1:3.0) [non armhf]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

  dep: libgcc1 (>= 1:3.5) [armhf]

• dep: libstdc++6 (>= 5)

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Bibliothèque de compression - binaires

• rec: clustalo

  programme à usage général d'alignement de plusieurs séquences pour les protéines

• rec: muscle

  Programme d'alignements multiples de séquences de protéine

• rec: phyml

  estimation phylogénétique utilisant la probabilité maximale

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
amd64	340,5 ko	849,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	313,1 ko	821,0 ko	[liste des fichiers]
armhf	289,8 ko	579,0 ko	[liste des fichiers]
i386	357,7 ko	899,0 ko	[liste des fichiers]