[ Paquet source : openms ]
Paquet : topp (2.4.0-real-1)
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Paquets similaires :
ensemble de programmes implémentant The OpenMS Proteomic Pipeline
TOPP (the OpenMS proteomic pipeline) est un pipeline d'analyse de données HPLC/MS. C'est un ensemble de nombreuses petites applications qu'on peut chaîner pour créer des pipelines d'analyse adapés à un problème particulier. Les applications utilisent la bibliothèque libopenms. Certains exemples de ces explications sont :
- TOPPView : un visionneur de données spectométriques de masse. - TOPPAS : un assistant pour concevoir graphiquement des flux TOPP - DTAExtractor : extrait des spectres d'un fichier MS run en plusieurs fichiers au format DTA. - FileConverter : Conversion entre divers formats de fichiers MS. - FileFilter : Extrait ou manipule des morceaux de données issues de fichiers peak, feature ou consensus feature. - SpectraMerger : Fusionne des spectres issus d'un plan LC/MS, en précurseur ou en blocs RT. - BaselineFilter : supprime la ligne d'un profil de spectre en utilisant un filtre top-hat. - InternalCalibration : Utilisé pour une calibration intrne. - PTModel : Entraîne un modèle de prédiction des peptides protéotypiques à partir d'un plan d'entraînement. - RTPredict : Prédit des temps de rétention pour des peptides en utilisant un modèle entraîné par RTModel. - ExecutePipeline : Exécute des flux de travail créés par TOPPAS.
Autres paquets associés à topp
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- dep: coinor-libcbc3
- solveur de programmes en variables mixtes par branch-and-cut COIN-OR – bibliothèques partagées
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- dep: coinor-libclp1
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- Bibliothèque d'expressions rationnelles pour C++
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- dep: libopenms2.4.0 (= 2.4.0-real-1)
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- dep: libqt5svg5 (>= 5.6.0~beta)
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- dep: libqt5widgets5 (>= 5.7.0)
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- dep: libsqlite3-0 (>= 3.5.9)
- Bibliothèque partagée SQLite 3
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- dep: libstdc++6 (>= 5.2)
- bibliothèque standard C++ de GNU v3
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- dep: libsvm3
- library implementing support vector machines
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- dep: libwildmagic5 (>= 5.13)
- libraries for mathematics, physics, numerical methods - runtime
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- dep: libxerces-c3.2
- validating XML parser library for C++
-
- dep: openms-common (= 2.4.0-real-1)
- package for LC/MS data management and analysis - shared data
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- dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)
- Bibliothèque de compression - binaires
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- sug: openms-doc
- package for LC/MS data management and analysis - documentation
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Architecture | Taille du paquet | Espace occupé une fois installé | Fichiers |
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i386 | 2 809,1 ko | 15 051,0 ko | [liste des fichiers] |