Paquet : topp (2.4.0-real-1)

[ Paquet source : openms  ]

ensemble de programmes implémentant The OpenMS Proteomic Pipeline

TOPP (the OpenMS proteomic pipeline) est un pipeline d'analyse de données HPLC/MS. C'est un ensemble de nombreuses petites applications qu'on peut chaîner pour créer des pipelines d'analyse adapés à un problème particulier. Les applications utilisent la bibliothèque libopenms. Certains exemples de ces explications sont :

  - TOPPView : un visionneur de données spectométriques de masse.
  - TOPPAS : un assistant pour concevoir graphiquement des flux TOPP
  - DTAExtractor : extrait des spectres d'un fichier MS run en plusieurs fichiers
    au format DTA.
  - FileConverter :  Conversion entre divers formats de fichiers MS.
  - FileFilter : Extrait ou manipule des morceaux de données issues de fichiers peak,
    feature ou consensus feature.
  - SpectraMerger : Fusionne des spectres issus d'un plan LC/MS, en précurseur
    ou en blocs RT.
  - BaselineFilter : supprime la ligne d'un profil de spectre en utilisant un
    filtre top-hat.
  - InternalCalibration : Utilisé pour une calibration intrne.
  - PTModel : Entraîne un modèle de prédiction des peptides protéotypiques
    à partir d'un plan d'entraînement.
  - RTPredict : Prédit des temps de rétention pour des peptides en utilisant un
    modèle entraîné par RTModel.
  - ExecutePipeline : Exécute des flux de travail créés par TOPPAS.

Étiquettes: Boîte à outils d'interface utilisateur: Qt

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• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

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• sug: openms-doc

  package for LC/MS data management and analysis - documentation

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