Paquet : r-bioc-rtracklayer (1.42.1-2)

[ Paquet source : r-bioc-rtracklayer  ]

GNU R interface to genome browsers and their annotation tracks

Extensible framework for interacting with multiple genome browsers (currently UCSC built-in) and manipulating annotation tracks in various formats (currently GFF, BED, bedGraph, BED15, WIG, BigWig and 2bit built-in). The user may export/import tracks to/from the supported browsers, as well as query and modify the browser state, such as the current viewport.

Autres paquets associés à r-bioc-rtracklayer

• dep: libc6 (>= 2.28)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

• dep: r-api-3.5

  paquet virtuel fourni par r-base-core

• dep: r-api-bioc-3.8

  paquet virtuel fourni par r-bioc-biocgenerics

• dep: r-base-core (>= 3.5.2-1)

  noyau de GNU R, un système de calculs statistiques et de graphiques

• dep: r-bioc-biocgenerics (>= 0.25.1)

  generic functions for Bioconductor

• dep: r-bioc-biostrings (>= 2.47.6)

  GNU R string objects representing biological sequences

• dep: r-bioc-genomeinfodb (>= 1.15.2)

  BioConductor utilities for manipulating chromosome identifiers

• dep: r-bioc-genomicalignments (>= 1.15.6)

  BioConductor representation and manipulation of short genomic alignments

• dep: r-bioc-genomicranges (>= 1.31.8)

  BioConductor representation and manipulation of genomic intervals

• dep: r-bioc-iranges (>= 2.13.13)

  conteneurs de bas niveau de GNU R de stockage de plages d’entiers

• dep: r-bioc-rsamtools (>= 1.31.2)

  importation de fichiers BAM, BCF et tabix pour GNU R

• dep: r-bioc-s4vectors (>= 0.19.22)

  BioConductor S4 implementation of vectors and lists

• dep: r-bioc-xvector (>= 0.19.7)

  BioConductor representation and manpulation of external sequences

• dep: r-bioc-zlibbioc

  (Virtual) zlibbioc Bioconductor package

• dep: r-cran-rcurl (>= 1.4-2)

  GNU R General network (HTTP/FTP/...) client interface

• dep: r-cran-xml (>= 1.98-0)

  paquet de GNU R pour la génération et analyse d’XML

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Bibliothèque de compression - binaires

• sug: r-bioc-bsgenome (>= 1.33.4)

  infrastructure de BioConductor pour les paquets de données de génome basés sur Biostrings

• sug: r-bioc-genefilter

  méthodes de filtrage de gènes à partir d’expériences sur puce

• sug: r-bioc-genomicfeatures

  GNU R tools for making and manipulating transcript centric annotations

• sug: r-bioc-limma

  modèles linéaires pour des données de puce (microarray)

• sug: r-cran-runit

  paquet de GNU R fournissant un cadriciel de tests unitaires

Télécharger r-bioc-rtracklayer

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
i386	2 401,8 ko	3 857,0 ko	[liste des fichiers]