[ Paquet source : debian-med ]
Paquet : med-bio-dev (3.3)
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paquets de Debian Med pour le développement d’applications bio-informatiques
Ce métapaquet installera des paquets Debian utiles pour le développement d’applications de recherche biologiques.
Autres paquets associés à med-bio-dev
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- dep: med-config (= 3.3)
- paquet de configuration générale de Debian Med
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- dep: med-tasks (= 3.3)
- Paquets bio-informatiques pour tasksel
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- rec: bio-tradis
- analyse des sorties d'analyses TraDIS de séquences de génomes
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- rec: bioperl
- outils en Perl pour la bio-informatique
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- rec: bioperl-run
- scripts d'enveloppe BioPerl
-
- rec: biosquid
- utilitaire d'analyse de séquences biologiques
-
- rec: cwltool
- implémentation de la référence du langage Common Workflow
-
- rec: libace-perl
- accès orienté objet aux bases de données AceDB
-
- rec: libai-fann-perl
- enveloppe Perl pour la bibliothèque FANN
-
- rec: libbambamc-dev
- fichiers de développement pour la lecture et l'écriture de fichiers BAM (alignement de génomes)
-
- rec: libbamtools-dev
- API C++ de manipulation de fichiers BAM (alignement de génomes)
-
- rec: libbio-asn1-entrezgene-perl
- analyseur d'enregistrements Entrez Gene et Sequence du NCBI.
-
- rec: libbio-chado-schema-perl
- couche DBIx::Class pour le schéma de base de données Chado
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- rec: libbio-coordinate-perl
- modules BioPerl pour travailler avec les coordonnées biologiques
-
- rec: libbio-das-lite-perl
- implémentation du protocole BioDas
-
- rec: libbio-eutilities-perl
- interface BioPerl pour les Entrez Programming Utilities (E-utilities)
-
- rec: libbio-graphics-perl
- création d'images GD d'objets Bio::Seq
-
- rec: libbio-mage-perl
- module conteneur pour les classes du paquet MAGE
-
- rec: libbio-mage-utils-perl
- modules supplémentaires pour les classes du paquet MAGE
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- rec: libbio-primerdesigner-perl
- module Perl pour la conception d'amorce de PCR avec primer3 et epcr
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- rec: libbio-samtools-perl
- interface Perl à la bibliothèque SamTools pour le séquençage ADN
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- rec: libbio-scf-perl
- extension Perl de lecture et d'écriture de fichiers de séquence SCF
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- rec: libbio-tools-phylo-paml-perl
- Bioperl interface to the PAML suite
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- rec: libbio-tools-run-alignment-clustalw-perl
- Bioperl interface to Clustal W
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- rec: libbio-tools-run-alignment-tcoffee-perl
- Bioperl interface to T-Coffee
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- rec: libbiococoa-dev
- cadre applicatif en bio-informatique pour GNUstep et Cocoa –⋅fichiers de développement
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- rec: libbiojava-java
- API Java pour des applications et des données biologiques –⋅version par défaut
-
- rec: libbiojava4-java
- API Java pour des applications et des données biologiques –⋅version⋅par défaut
un paquet virtuel est également fourni par libbiojava4-java
-
- rec: libbioparser-dev
- library for parsing several formats in bioinformatics
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- rec: libblasr-dev
- outils pour l'alignement de lectures PacBio sur des séquences cibles –⋅fichiers de développement
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- rec: libbpp-core-dev
- fichiers de développement de la bibliothèque principale de Bio++
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- rec: libbpp-phyl-dev
- fichiers de développement de la bibliothèque de phylogénétique de Bio++
-
- rec: libbpp-phyl-omics-dev
- bibliothèque de phylogénétique de Bio++ –⋅composants génomiques (fichiers de développement)
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- rec: libbpp-popgen-dev
- fichiers de développement de la bibliothèque de génétique des populations de Bio++
-
- rec: libbpp-qt-dev
- fichiers de développement de la bibliothèque des classes graphiques⋅Qt de Bio++
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- rec: libbpp-raa-dev
- fichiers de développement de la bibliothèque d'accès distant ACNUC de Bio++
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- rec: libbpp-seq-dev
- fichiers de développement de la bibliothèque de séquences pour Bio++
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- rec: libbpp-seq-omics-dev
- bibliothèque de séquences pour Bio++ – composants génomiques (fichiers de développement)
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- rec: libchado-perl
- database schema and tools for genomic data
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- rec: libconsensuscore-dev
- algorithms for PacBio multiple sequence consensus -- development files
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- rec: libdivsufsort-dev
- libdivsufsort header files
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- rec: libedlib-dev
- library for sequence alignment using edit distance (devel)
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- rec: libfast5-dev
- library for reading Oxford Nanopore Fast5 files -- headers
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- rec: libfastahack-dev
- library for indexing and sequence extraction from FASTA files (devel)
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- rec: libffindex0-dev
- index/base de données simple pour d'énormes quantités de petits fichiers — développement
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- rec: libfml-dev
- development headers for libfml
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- rec: libfreecontact-dev
- fast protein contact predictor library - development files
un paquet virtuel est également fourni par libfreecontact-dev
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- rec: libfreecontact-perl
- fast protein contact predictor - binding for Perl
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- rec: libgatbcore-dev
- development library of the Genome Analysis Toolbox
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- rec: libgenome-dev
- toolkit for developing bioinformatic related software (devel)
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- rec: libgenome-model-tools-music-perl
- module for finding mutations of significance in cancer
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- rec: libgenome-perl
- pipelines, tools, and data management for genomics
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- rec: libgenometools0-dev
- development files for GenomeTools
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- rec: libgff-dev
- GFF/GTF parsing from cufflinks as a library
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- rec: libgkarrays-dev
- library to query large collection of NGS sequences (development)
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- rec: libgo-perl
- perl modules for GO and other OBO ontologies
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- rec: libhmsbeagle-dev
- High-performance lib for Bayesian and Maximum Likelihood phylogenetics (devel)
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- rec: libhts-dev
- development files for the HTSlib
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- rec: libhtsjdk-java
- Java API for high-throughput sequencing data (HTS) formats
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- rec: libjebl2-java
- Java Evolutionary Biology Library
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- rec: libjloda-java
- Java library of data structures and algorithms for bioinformatics
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- rec: libkmer-dev
- suite of tools for DNA sequence analysis (development lib)
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- rec: libmems-dev
- development library to support DNA string matching and comparative genomics
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- rec: libminimap-dev
- development headers for libminimap
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- rec: libmuscle-dev
- multiple alignment development library for protein sequences
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- rec: libncbi-vdb-dev
- libraries for using data in the INSDC Sequence Read Archives (devel)
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- rec: libncbi6-dev
- bibliothèques du NCBI pour les applications de biologie –⋅fichiers de développement
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- rec: libncl-dev
- NEXUS Class Library (static lib and header files)
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- rec: libngs-java
- liaisons du langage de séquençage de nouvelle génération –⋅liaisons Java
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- rec: libngs-sdk-dev
- liaisons du langage de séquençage de nouvelle génération –⋅fichiers de développement
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- rec: libnhgri-blastall-perl
- Perl extension for running and parsing NCBI's BLAST 2.x
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- rec: libopenms-dev
- library for LC/MS data management and analysis - dev files
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- rec: libpal-java
- Phylogenetic Analysis Library
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- rec: libpbbam-dev
- Pacific Biosciences binary alignment/map (BAM) library (headers)
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- rec: libpbdata-dev
- tools for handling PacBio sequences (development files)
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- rec: libpbihdf-dev
- tools for handling PacBio hdf5 files (development files)
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- rec: libpbseq-dev
- library for analyzing PacBio sequencing data (development files)
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- rec: libpll-dev
- Phylogenetic Likelihood Library (development)
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- rec: libqes-dev
- DNA sequence parsing library -- development
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- rec: librcsb-core-wrapper0-dev
- development files for librcsb-core-wrapper0
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- rec: librdp-taxonomy-tree-java
- taxonomy tree library from Ribosomal Database Project (RDP)
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- rec: librelion-dev
- C++ API for RELION (3D reconstructions in cryo-electron microscopy)
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- rec: librg-blast-parser-perl
- very fast NCBI BLAST parser - binding for Perl
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- rec: librg-reprof-bundle-perl
- protein secondary structure and accessibility predictor (perl module)
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- rec: librostlab-blast0-dev
- very fast C++ library for parsing the output of NCBI BLAST programs (devel)
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- rec: librostlab3-dev
- C++ library for computational biology (development)
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- rec: libsbml5-dev
- System Biology Markup Language library - development files
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- rec: libseqlib-dev
- C++ htslib/bwa-mem/fermi interface for interrogating sequence data (dev)
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- rec: libsmithwaterman-dev
- determine similar regions between two strings or genomic sequences (devel)
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- rec: libsnp-sites1-dev
- bibliothèques statiques et fichiers d'en-tête pour le paquet snp-sites
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- rec: libsort-key-top-perl
- Perl module to select and sort top n elements of a list
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- rec: libspoa-dev
- SIMD partial order alignment library (development files)
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- rec: libsrf-dev
- C++ implementation of the SRF format for DNA sequence data
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- rec: libssm-dev
- macromolecular superposition library - development files
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- rec: libssw-dev
- Development headers and static libraries for libssw
un paquet virtuel est également fourni par libssw-dev
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- rec: libssw-java
- Java bindings for libssw
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- rec: libstaden-read-dev
- development files for libstaden-read
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- rec: libstatgen-dev
- development files for the libStatGen
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- rec: libswiss-perl
- Perl API to the UniProt database
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- rec: libtabixpp-dev
- C++ wrapper to tabix indexer (development files)
un paquet virtuel est également fourni par libtabixpp-dev
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- rec: libtfbs-perl
- scanning DNA sequence with a position weight matrix
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- rec: libthread-pool-dev
- C++ thread pool library (devel)
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- rec: libvcflib-dev
- C++ library for parsing and manipulating VCF files (development)
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- rec: libvibrant6-dev
- bibliothèques du NCBI pour applications graphiques de biologie –⋅fichiers de développement
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- rec: libzerg-perl
- fast perl module for parsing the output of NCBI BLAST programs
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- rec: libzerg0-dev
- development libraries and header files for libzerg
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- rec: mcl
- algorithme de Markov pour les grappes
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- rec: pyfai
- Fast Azimuthal Integration scripts
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- rec: python-biom-format
- format de matrice d'observation biologique (BIOM) –⋅Python⋅3
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- rec: python-cogent
- framework pour la biologie du génome
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- rec: python-corepywrap
- library that exports C++ mmCIF accessors to Python
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- rec: python-freecontact
- fast protein contact predictor - binding for Python
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- rec: python-htseq
- Python high-throughput genome sequencing read analysis utilities
un paquet virtuel est également fourni par python3-htseq
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- rec: python-kineticstools
- detection of DNA modifications (Python 2 library)
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- rec: python-pbcommand
- common command-line interface for Pacific Biosciences analysis modules
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- rec: python-pbcore
- Python 2 library for processing PacBio data files
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- rec: python-pbh5tools
- tools for manipulating Pacific Biosciences HDF5 files -- Python 2 library
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- rec: python-rdkit
- Collection of cheminformatics and machine-learning software
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- rec: python3-airr
- Data Representation Standard library for antibody and TCR sequences
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- rec: python3-bcbio
- library for analysing high-throughput sequencing data
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- rec: python3-biomaj3
- BioMAJ workflow management library
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- rec: python3-biopython
- Python library for bioinformatics (implemented in Python 3)
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- rec: python3-biotools
- Python3 bioinformatics utilities for high-throughput genomic sequencing
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- rec: python3-bx
- library to manage genomic data and its alignment
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- rec: python3-cobra
- modélisation basée sur les contraintes de réseaux biologiques avec Python 3
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- rec: python3-csb
- Python framework for structural bioinformatics (Python3 version)
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- rec: python3-cutadapt
- Clean biological sequences from high-throughput sequencing reads (Python 3)
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- rec: python3-cyvcf2
- VCF parser based on htslib (Python 3)
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- rec: python3-dendropy
- DendroPy Phylogenetic Computing Library (Python 3)
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- rec: python3-fast5
- library for reading Oxford Nanopore Fast5 files -- Python 3
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- rec: python3-gfapy
- flexible and extensible software library for handling sequence graphs
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- rec: python3-gffutils
- Work with GFF and GTF files in a flexible database framework
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- rec: python3-intervaltree-bio
- Interval tree convenience classes for genomic data -- Python 3 library
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- rec: python3-ngs
- liaisons du langage de séquençage de nouvelle génération –⋅liaisons Python⋅3
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- rec: python3-pbconsensuscore
- algorithms for PacBio multiple sequence consensus -- Python 3
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- rec: python3-presto
- toolkit for processing B and T cell sequences
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- rec: python3-pybedtools
- enveloppe de Python 3 pour BEDTools pour des tâches de bio-informatique
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- rec: python3-pybel
- Biological Expression Language
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- rec: python3-pyfaidx
- efficient random access to fasta subsequences for Python 3
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- rec: python3-pymummer
- Python 3 interface to MUMmer
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- rec: python3-pysam
- interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)
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- rec: python3-pyvcf
- Variant Call Format (VCF) parser for Python 3
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- rec: python3-ruffus
- Python3 computation pipeline library widely used in bioinformatics
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- rec: python3-screed
- short nucleotide read sequence utils in Python 3
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- rec: python3-sqt
- SeQuencing Tools for biological DNA/RNA high-throughput data
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- rec: python3-treetime
- inférence de phylogénies marquées temporellement et reconstruction ancestrale – Python 3
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- rec: r-bioc-biobase
- fonctions de base pour Bioconductor
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- rec: r-cran-genetics
- paquet de GNU R pour la génétique des populations
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- rec: r-cran-haplo.stats
- paquet de GNU R pour l’analyse d’haplotypes
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- rec: r-cran-phylobase
- GNU R base package for phylogenetic structures and comparative data
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- rec: r-cran-rncl
- GNU R interface to the Nexus Class Library
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- rec: r-cran-rnexml
- GNU R package for semantically rich I/O for the 'NeXML' format
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- rec: ruby-bio
- Ruby tools for computational molecular biology
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- rec: ruby-crb-blast
- Run conditional reciprocal best blast
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- rec: sbmltoolbox
- libsbml toolbox for octave and matlab
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- rec: seqan-dev
- C++ library for the analysis of biological sequences (development)
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- rec: snakemake
- pythonic workflow management system
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- rec: toil
- cross-platform workflow engine
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- sug: bioclipse
- Paquet indisponible
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- sug: ctdconverter
- Convert CTD files into Galaxy tool and CWL CommandLineTool files
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- sug: galaxy-lib
- Paquet indisponible
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- sug: libbam-dev
- manipulation d'alignements de séquences de nucléotides au format BAM ou SAM
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- sug: libbigwig-dev
- Paquet indisponible
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- sug: libbiod-dev
- Paquet indisponible
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- sug: libdisorder-dev
- library for entropy measurement of byte streams (devel)
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- sug: libforester-java
- Paquet indisponible
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- sug: libfreecontact-doc
- documentation for libfreecontact
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- sug: libgoby-java
- Paquet indisponible
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- sug: libgtextutils-dev
- Gordon Text_utils library (development files)
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- sug: libmilib-java
- library for Next Generation Sequencing (NGS) data processing
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- sug: libmodhmm-dev
- library for constructing, training and scoring hidden Markov models (dev)
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- sug: libnexml-java
- Paquet indisponible
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- sug: libpbcopper-dev
- data structures, algorithms, and utilities for C++ applications -- header files
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- sug: libqcpp-dev
- Paquet indisponible
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- sug: libroadrunner-dev
- Paquet indisponible
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- sug: librostlab-blast-doc
- very fast C++ library for parsing the output of NCBI BLAST programs (doc)
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- sug: librostlab-doc
- C++ library for computational biology (documentation)
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- sug: libsvmloc-dev
- PSORTb adapted library for svm machine-learning library (dev)
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- sug: libswarm2-dev
- Paquet indisponible
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- sug: mgltools-networkeditor
- Python GUI library for the editing of networks
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- sug: mgltools-pybabel
- molecular structure file access and interpretation
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- sug: mgltools-vision
- Python-based Visual Programming Environment
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- sug: octace-bioinfo
- Paquet indisponible
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- sug: python-biopython-doc
- documentation pour la bibliothèque Biopython
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- sug: python-mmtk
- Paquet indisponible
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- sug: python-pyflow
- lightweight parallel task engine for Python
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- sug: python-roadrunner
- Paquet indisponible
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- sug: python-screed
- Paquet indisponible
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- sug: python3-biopython-sql
- Biopython support for the BioSQL database schema (Python 3)
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- sug: python3-cgecore
- Paquet indisponible
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- sug: python3-consensuscore2
- Paquet indisponible
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- sug: python3-ctdopts
- Gives your Python tools a CTD-compatible interface
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- sug: python3-ete3
- Paquet indisponible
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- sug: python3-hyphy
- Paquet indisponible
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- sug: python3-mirtop
- Paquet indisponible
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- sug: python3-misopy
- Paquet indisponible
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- sug: python3-seqcluster
- Paquet indisponible
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- sug: python3-skbio
- Paquet indisponible
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- sug: r-bioc-affy
- méthodes de BioConductor pour les matrices d'oligonucléotides d'Affymetrix
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- sug: r-bioc-affyio
- outils BioConductor pour l'analyse de fichiers de données d'Affymetrix
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- sug: r-bioc-altcdfenvs
- environnements CDF alternatifs pour BioConductor
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- sug: r-bioc-annotationdbi
- GNU R Annotation Database Interface pour BioConductor
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- sug: r-bioc-biocgenerics
- generic functions for Bioconductor
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- sug: r-bioc-biomart
- interface de GNU R aux bases de données BioMart (Ensembl, COSMIC, Wormbase et Gramene)
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- sug: r-bioc-biomformat
- GNU R interface package for the BIOM file format
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- sug: r-bioc-biovizbase
- GNU R basic graphic utilities for visualization of genomic data
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- sug: r-bioc-bsgenome
- BioConductor infrastructure for Biostrings-based genome data packages
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- sug: r-bioc-genomeinfodb
- BioConductor utilities for manipulating chromosome identifiers
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- sug: r-bioc-genomicalignments
- BioConductor representation and manipulation of short genomic alignments
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- sug: r-bioc-genomicfeatures
- GNU R tools for making and manipulating transcript centric annotations
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- sug: r-bioc-genomicranges
- BioConductor representation and manipulation of genomic intervals
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- handle graph data structures for BioConductor
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- sug: r-bioc-hypergraph
- structures de données en hypergraphe pour BioConductor
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- sug: r-bioc-iranges
- conteneurs de bas niveau de GNU R de stockage de plages d’entiers
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- sug: r-bioc-makecdfenv
- création d’environnement CDF de Bioconductor
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- sug: r-bioc-preprocesscore
- collection de fonctions de prétraitement de BioConductor
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- sug: r-bioc-rbgl
- R interface to the graph algorithms contained in the BOOST library
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- sug: r-bioc-rsamtools
- importation de fichiers BAM, BCF et tabix pour GNU R
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- sug: r-bioc-shortread
- GNU R classes and methods for high-throughput short-read sequencing data
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- sug: r-bioc-snpstats
- BioConductor SnpMatrix and XSnpMatrix classes and methods
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- sug: r-bioc-variantannotation
- BioConductor annotation of genetic variants
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- sug: r-bioc-xvector
- BioConductor representation and manpulation of external sequences
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- sug: r-cran-natserv
- interface de GNU R pour « NatureServe »
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- sug: r-cran-rentrez
- interface GNU R pour l’API EUtils du NCBI
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- sug: r-cran-rocr
- paquet de GNU R pour préparer et afficher des courbes ROC
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- sug: ruby-rgfa
- parse, edit and write GFA format graphs in Ruby
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- sug: vdjtools
- Paquet indisponible
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