Paquet : bio-tradis (1.4.1+dfsg-1)

[ Paquet source : bio-tradis  ]

analyse des sorties d'analyses TraDIS de séquences de génomes

Bio-Tradis fournit un ensemble d'outils pour analyser la sortie des analyses TraDIS.

La chaîne d'analyse Bio-Tradis est implémentée sous la forme d'une bibliothèque Perl extensible qui peut être utilisée telle quelle ou comme base de développement d'outils d'analyse plus évolués.

Note : il est nécessaire d’installer manuellement BioConductor Edger qui ne peut être distribué dans Debian dans une version récente car il utilise le code locfit qui n’est pas distribuable.

Autres paquets associés à bio-tradis

• dep: perl

  langage de rapports et d'extractions pratiques de Larry Wall

• dep: r-base-core

  noyau de GNU R, un système de calculs statistiques et de graphiques

• dep: r-cran-getopt

  GNU R package providing command-line parsing functionality

• dep: r-cran-mass

  paquet GNU R pour MASS de Venables et Ripley

• dep: samtools

  traitement d'alignements de séquence pour les formats SAM et BAM et CRAM

• dep: smalt

  Sequence Mapping and Alignment Tool

• dep: tabix

  indexeur générique pour fichiers de positions de génome, délimités par des tabulations

• sug: artemis

  navigateur de génome et outil d'annotation

• sug: r-bioc-edger

  Paquet indisponible

Télécharger bio-tradis

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
all	37,9 ko	175,0 ko	[liste des fichiers]