Paquet : tree-puzzle-doc (5.2-11)

[ Paquet source : tree-puzzle  ]

reconstruction d’arbres phylogénétiques par la vraisemblance maximale – documentation

TREE-PUZZLE (le nouveau nom pour PUZZLE) est un programme interactif en console qui intègre un algorithme rapide de recherche dans une arborescence par la méthode de quadruplets «⋅Quartet Puzzling⋅», qui permet l'analyse de grands jeux de données et qui attribue automatiquement des estimations de prise en charge à chaque branche interne. TREE-PUZZLE calcule aussi des distances maximales vraisemblables entre des paires, ainsi que la longueur des branches spécifiées par l’utilisateur. Les branches peuvent aussi être calculées suivant le postulat de l'horloge moléculaire. De plus, TREE-PUZZLE offre une méthode novatrice, la cartographie par vraisemblance, pour étudier la prise en charge d'une hypothétique branche interne sans calculer l'arbre complet et pour visualiser le contenu phylogénétique d’un alignement de séquences.

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