Paquet : parsnp (1.2+dfsg-5)

[ Paquet source : parsnp  ]

rapid core genome multi-alignment

Parsnp was designed to align the core genome of hundreds to thousands of bacterial genomes within a few minutes to few hours. Input can be both draft assemblies and finished genomes, and output includes variant (SNP) calls, core genome phylogeny and multi-alignments. Parsnp leverages contextual information provided by multi-alignments surrounding SNP sites for filtration/cleaning, in addition to existing tools for recombination detection/filtration and phylogenetic reconstruction.

Autres paquets associés à parsnp

• dep: fasttree

  arbres phylogénétiques à partir d'alignements de nucléotides ou des séquences de protéines

• dep: libc6 (>= 2.27)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

• dep: libgcc1 (>= 1:3.0)

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libgomp1 (>= 4.9)

  bibliothèque GCC pour OpenMP (GOMP)

• dep: libmuscle1 (>= 3.7+4565)

  multiple alignment library for protein sequences

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

• dep: mummer

  Alignement de séquence efficace de génomes complets

• dep: phipack

  PHI test and other tests of recombination

• dep: python

  langage interactif de haut niveau orienté objet (version Python2)

• dep: python-numpy

  gestion rapide des tableaux avec Python

• rec: python-dendropy

  DendroPy Phylogenetic Computing Library (Python 2)

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
amd64	516,2 ko	913,0 ko	[liste des fichiers]