Paquet : hmmer2 (2.3.2+dfsg-6)

[ Paquet source : hmmer2  ]

profilage de modèles de Markov cachés pour la recherche de séquences

HMMER est une implémentation des profils de modèles de Markov cachés pour rechercher des séquences biologiques dans des banques de données en les interrogeant avec des alignements multiples de séquences.

À partir d'un alignement multiple de séquences, HMMER construit un modèle statistique appelé « modèle de Markov caché », qui peut ensuite être utilisé pour interroger une banque de séquences afin de trouver plus d'homologues à la famille de séquences et, éventuellement, de les aligner.

Autres paquets associés à hmmer2

• dep: libc6 (>= 2.7)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

• dep: libpvm3

  Parallel Virtual Machine - shared libraries

• dep: libsquid1

  biosquid dynamic library for biological sequence analysis

• rec: biosquid

  utilitaire d'analyse de séquences biologiques

• sug: hmmer2-doc (>= 2.3.2+dfsg-6)

  profile hidden Markov models for protein sequence analysis (docs)

• sug: hmmer2-pvm (>= 2.3.2+dfsg-6)

  Programmes HMMER avec support PVM (machine virtuelle parallèle)

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
amd64	1 614,9 ko	3 147,0 ko	[liste des fichiers]