Paquet : r-cran-alakazam (1.1.0-1)

[ Paquet source : r-cran-alakazam  ]

lignage clonal d’immunoglobuline et analyse de diversité

Alakazam is part of the Immcantation analysis framework for Adaptive Immune Receptor Repertoire sequencing (AIRR-seq) and provides a set of tools to investigate lymphocyte receptor clonal lineages, diversity, gene usage, and other repertoire level properties, with a focus on high-throughput immunoglobulin (Ig) sequencing.

Alakazam serves five main purposes:

 * Providing core functionality for other R packages in the Immcantation
   framework. This includes common tasks such as file I/O, basic DNA
   sequence manipulation, and interacting with V(D)J segment and gene
   annotations.
 * Providing an R interface for interacting with the output of the
   pRESTO and Change-O tool suites.
 * Performing lineage reconstruction on clonal populations of Ig
   sequences and analyzing the topology of the resultant lineage trees.
 * Performing clonal abundance and diversity analysis on lymphocyte
   repertoires.
 * Performing physicochemical property analyses of lymphocyte receptor
   sequences.

Autres paquets associés à r-cran-alakazam

• dep: libc6 (>= 2.4)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

• dep: r-api-4.0

  paquet virtuel fourni par r-base-core

• dep: r-base-core (>= 4.0.4-1)

  noyau de GNU R, un système de calculs statistiques et de graphiques

• dep: r-bioc-biostrings

  GNU R string objects representing biological sequences

• dep: r-bioc-genomicalignments

  BioConductor representation and manipulation of short genomic alignments

• dep: r-bioc-iranges

  conteneurs de bas niveau de GNU R de stockage de plages d’entiers

• dep: r-cran-airr

  GNU R AIRR data representation reference library

• dep: r-cran-ape

  paquet de GNU R pour l’analyse de phylogénie et d’évolution

• dep: r-cran-dplyr (>= 1.0)

  GNU R grammar of data manipulation

• dep: r-cran-ggplot2 (>= 3.2.0)

  implementation of the Grammar of Graphics

• dep: r-cran-igraph (>= 1.0.0)

  analyse et visualisation de réseau avec GNU R

• dep: r-cran-lazyeval

  GNU R lazy (non-standard) evaluation

• dep: r-cran-matrix

  paquet de GNU R de classes pour les matrices denses et creuses

• dep: r-cran-progress

  barres de progression pour terminaux pour GNU R

• dep: r-cran-rcpp (>= 0.12.12)

  GNU R package for Seamless R and C++ Integration

• dep: r-cran-readr

  GNU R package to read rectangular text data

• dep: r-cran-rlang

  Functions for Base Types and Core R and 'Tidyverse' Features

• dep: r-cran-scales

  Scale functions for visualization

• dep: r-cran-seqinr

  GNU R biological sequences retrieval and analysis

• dep: r-cran-stringi

  utilitaires de traitement de chaines de caractères pour GNU R

• dep: r-cran-tibble

  GNU R Simple Data Frames

• dep: r-cran-tidyr (>= 1.0.0)

  GNU R package to easily tidy data

• sug: r-cran-knitr

  GNU R package for dynamic report generation using Literate Programming

• sug: r-cran-rmarkdown

  convert R markdown documents into a variety of formats

• sug: r-cran-testthat

  GNU R testsuite

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
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