Paquet : r-bioc-monocle (2.18.0-1)

[ Paquet source : r-bioc-monocle  ]

clustering, differential expression, and trajectory analysis for RNA-Seq

Monocle performs differential expression and time-series analysis for single-cell expression experiments. It orders individual cells according to progress through a biological process, without knowing ahead of time which genes define progress through that process. Monocle also performs differential expression analysis, clustering, visualization, and other useful tasks on single cell expression data. It is designed to work with RNA-Seq and qPCR data, but could be used with other types as well.

Autres paquets associés à r-bioc-monocle

• dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]

  dep: libc6 (>= 2.4) [non amd64, arm64, ppc64el]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [non armel, armhf]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

• dep: r-api-4.0

  paquet virtuel fourni par r-base-core

• dep: r-api-bioc-3.12

  paquet virtuel fourni par r-bioc-biocgenerics

• dep: r-base-core (>= 4.0.3-1)

  noyau de GNU R, un système de calculs statistiques et de graphiques

• dep: r-bioc-biobase

  fonctions de base pour Bioconductor

• dep: r-bioc-biocgenerics

  generic functions for Bioconductor

• dep: r-bioc-biocviews

  Categorized views of R package repositories

• dep: r-bioc-hsmmsinglecell (>= 0.101.5)

  Single-cell RNA-Seq for differentiating human skeletal muscle myoblasts

• dep: r-bioc-limma

  modèles linéaires pour des données de biopuce (microarray)

• dep: r-cran-cluster

  paquet GNU R pour l'analyse de grappe, écrit par Rousseeuw et al.

• dep: r-cran-combinat

  GNU R package with utilities for combinatorics

• dep: r-cran-ddrtree (>= 0.1.4)

  étude à l’aide de GNU R de graphes principaux avec DDRTree

• dep: r-cran-densityclust (>= 0.3)

  GNU R clustering by fast search and find of density peaks

• dep: r-cran-dplyr

  GNU R grammar of data manipulation

• dep: r-cran-fastica

  paquet de GNU R pour ICA et la poursuite de projection

• dep: r-cran-ggplot2 (>= 1.0.0)

  implementation of the Grammar of Graphics

• dep: r-cran-igraph (>= 1.0.1)

  analyse et visualisation de réseau avec GNU R

• dep: r-cran-irlba (>= 2.0.0)

  GNU R fast truncated SVD, PCA and symmetric eigendecomposition

• dep: r-cran-mass

  paquet GNU R pour MASS de Venables et Ripley

• dep: r-cran-matrix (>= 1.2-6)

  paquet de GNU R de classes pour les matrices denses et creuses

• dep: r-cran-matrixstats

  GNU R methods that apply to rows and columns of a matrix

• dep: r-cran-pheatmap

  GNU R package to create pretty heatmaps

• dep: r-cran-plyr

  tools for splitting, applying and combining data

• dep: r-cran-proxy

  mesures de distance et de similarité avec GNU R

• dep: r-cran-qlcmatrix

  GNU R utility sparse matrix functions for quantitative language

• dep: r-cran-rann (>= 2.5)

  Fast Nearest Neighbour Search Using L2 Metric

• dep: r-cran-rcpp (>= 0.12.0)

  GNU R package for Seamless R and C++ Integration

• dep: r-cran-reshape2

  Flexibly reshape data: a reboot of the reshape package

• dep: r-cran-rtsne

  t-SNE de GNU R utilisant l’algorithme de Barnes-Hut

• dep: r-cran-slam

  paquet de GNU R pour des tableaux et matrices, légers et creux

• dep: r-cran-stringr

  Make it easier to work with strings

• dep: r-cran-tibble

  GNU R Simple Data Frames

• dep: r-cran-vgam (>= 1.0-6)

  paquet de GNU R pour l’estimation de modèle additif généralisé vectoriel

• dep: r-cran-viridis

  GNU R package for color maps from matplotlib

• rec: r-cran-testthat

  GNU R testsuite

• sug: r-bioc-destiny

  GNU R diffusion maps

• sug: r-bioc-scater

  Single-Cell Analysis Toolkit for Gene Expression Data in R

• sug: r-cran-hmisc [non armel]

  fonctions diverses de GNU R créées par Franck Harell

• sug: r-cran-knitr

  GNU R package for dynamic report generation using Literate Programming

• sug: r-cran-seurat

  Tools for Single Cell Genomics

Télécharger r-bioc-monocle

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
amd64	1 435,6 ko	1 746,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	1 433,2 ko	1 739,0 ko	[liste des fichiers]
armel	1 432,1 ko	1 729,0 ko	[liste des fichiers]
armhf	1 431,7 ko	1 713,0 ko	[liste des fichiers]
i386	1 436,6 ko	1 735,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	1 433,6 ko	1 751,0 ko	[liste des fichiers]
mipsel	1 434,4 ko	1 740,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	1 437,3 ko	1 790,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	1 433,5 ko	1 742,0 ko	[liste des fichiers]